seq1 = pF1KE6318.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KE6318/gi568815581r_6325463.tfa (gi568815581r:6325463_6535104), 209642 bp

>pF1KE6318 1152
>gi568815581r:6325463_6535104 (Chr17)

(complement)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-276  (101007-101186)   100% ->
277-465  (106599-106787)   99% ->
466-642  (108048-108224)   100% ->
643-784  (108349-108490)   99% ->
785-1152  (109275-109642)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGCCGCTCTGCTCCTGAACGTGGAAGGGGTCAAGAAAACCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGCCGCTCTGCTCCTGAACGTGGAAGGGGTCAAGAAAACCATTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACGGGGGCACGGGCGAGCTCCCAAACTTCATCACCGGATCCCGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 GCACGGGGGCACGGGCGAGCTCCCAAACTTCATCACCGGATCCCGAGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GTGATCTTTCATTTCCGCACCATGAAATGTGATGAGGAGCGGACA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..TAGGTGATCTTTCATTTCCGCACCATGAAATGTGATGAGGAGCGGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCATTGACGACAGTCGGCAGGTGGGCCAGCCCATGCACATCATCATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101052 GTCATTGACGACAGTCGGCAGGTGGGCCAGCCCATGCACATCATCATCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAACATGTTCAAGCTCGAGGTCTGGGAGATCCTGCTTACCTCCATGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101102 AAACATGTTCAAGCTCGAGGTCTGGGAGATCCTGCTTACCTCCATGCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCACGAGGTGGCCGAGTTCTGGTGCGACACCATC         CACACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101152 TGCACGAGGTGGCCGAGTTCTGGTGCGACACCATCGTA...CAGCACACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGGTCTACCCCATCCTGTCCCGGAGCCTGAGGCAGATGGCCCAGGGCAA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 106605 GGGGTCTACCCCATCCTATCCCGGAGCCTGAGGCAGATGGCCCAGGGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGACCCCACAGAGTGGCACGTGCACACGTGCGGGCTGGCCAACATGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106655 GGACCCCACAGAGTGGCACGTGCACACGTGCGGGCTGGCCAACATGTTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCTACCACACGCTGGGCTACGAGGACCTGGACGAGCTGCAGAAGGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106705 CCTACCACACGCTGGGCTACGAGGACCTGGACGAGCTGCAGAAGGAGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGCCTCTGGTCTTTGTGATCGAGCTGCTGCAG         GTTGATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106755 CAGCCTCTGGTCTTTGTGATCGAGCTGCTGCAGGTG...CAGGTTGATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCGAGTGATTACCAGAGGGAGACCTGGAACCTGAGCAATCATGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108056 CCCGAGTGATTACCAGAGGGAGACCTGGAACCTGAGCAATCATGAGAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAAGGCGGTGCCCGTCCTCCACGGAGAGGGAAATCGGCTCTTCAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108106 TGAAGGCGGTGCCCGTCCTCCACGGAGAGGGAAATCGGCTCTTCAAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCCGCTACGAGGAGGCCTCTTCCAAGTACCAGGAGGCCATCATCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108156 GGCCGCTACGAGGAGGCCTCTTCCAAGTACCAGGAGGCCATCATCTGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAGGAACCTGCAGACCAAG         GAGAAGCCGTGGGAGGTGCAGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||| |||||||||||||
 108206 AAGGAACCTGCAGACCAAGGTC...CAGGAGAAGCCATGGGAGGTGCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGCTGAAGCTGGAGAAGATGATCAATACTCTGATCCTCAACTACTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108371 GGCTGAAGCTGGAGAAGATGATCAATACTCTGATCCTCAACTACTGCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGCCTGCTGAAGAAGGAGGAGTACTATGAGGTGCTGGAGCACACCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108421 TGCCTGCTGAAGAAGGAGGAGTACTATGAGGTGCTGGAGCACACCAGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TATTCTCCGGCACCACCCAG         GCATCGTGAAGGCCTACTACG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108471 TATTCTCCGGCACCACCCAGGTG...CAGGCATCGTGAAGGCCTACTACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGCGTGCCCGGGCTCACGCAGAGGTGTGGAATGAGGCCGAGGCCAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109296 TGCGTGCCCGGGCTCACGCAGAGGTGTGGAATGAGGCCGAGGCCAAGGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACCTCCAGAAAGTGCTGGAGCTGGAGCCGTCCATGCAGAAGGCGGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109346 GACCTCCAGAAAGTGCTGGAGCTGGAGCCGTCCATGCAGAAGGCGGTGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAGGGAGCTGAGGCTGCTGGAGAACCGCATGGCGGAGAAGCAGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109396 CAGGGAGCTGAGGCTGCTGGAGAACCGCATGGCGGAGAAGCAGGAGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGCGGCTGCGCTGCCGGAACATGCTGAGCCAGGGTGCCACGCAGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109446 AGCGGCTGCGCTGCCGGAACATGCTGAGCCAGGGTGCCACGCAGCCTCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCAGAGCCACCCACAGAGCCACCCGCACAGTCATCCACAGAGCCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109496 GCAGAGCCACCCACAGAGCCACCCGCACAGTCATCCACAGAGCCACCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGAGCCACCCACAGCACCATCTGCAGAGCTGTCCGCAGGGCCCCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109546 AGAGCCACCCACAGCACCATCTGCAGAGCTGTCCGCAGGGCCCCCTGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1106 AGCCAGCCACAGAGCCACCCCCGTCCCCAGGGCACTCGCTGCAGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109596 AGCCAGCCACAGAGCCACCCCCGTCCCCAGGGCACTCGCTGCAGCAC