seq1 = pF1KE6317.tfa, 939 bp
seq2 = pF1KE6317/gi568815595r_127592201.tfa (gi568815595r:127592201_127921840), 329640 bp

>pF1KE6317 939
>gi568815595r:127592201_127921840 (Chr3)

(complement)

9-155  (100001-100147)   100% ->
156-262  (139946-140052)   100% ->
263-399  (199275-199411)   100% ->
400-510  (200678-200788)   100% ->
511-600  (211176-211265)   100% ->
601-816  (226651-226866)   100% ->
817-939  (229518-229640)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 AGGACCTGAAGACCCTTCCAGCATGCCAGAGGAAAGTTCCCCCAGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGACCTGAAGACCCTTCCAGCATGCCAGAGGAAAGTTCCCCCAGGCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 CCCCGCAGAGCATTCCCTACCAGGACCTCCCTCACCTGGTCAATGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCGCAGAGCATTCCCTACCAGGACCTCCCTCACCTGGTCAATGCAGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109 GGACAGTACCTCTTCTGCAGGTACTGGAAACCCACAGGCACACCCAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100101 GGACAGTACCTCTTCTGCAGGTACTGGAAACCCACAGGCACACCCAAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    156       GGCCCTCATCTTTGTGTCCCATGGAGCCGGAGAGCACAGTGGCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ...CAGGGCCCTCATCTTTGTGTCCCATGGAGCCGGAGAGCACAGTGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 GCTATGAAGAGCTGGCTCGGATGCTGATGGGGCTGGACCTGCTGGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139990 GCTATGAAGAGCTGGCTCGGATGCTGATGGGGCTGGACCTGCTGGTGTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 GCCCACGACCATG         TTGGCCACGGACAGAGCGAAGGGGAGAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 140040 GCCCACGACCATGGTG...CAGTTGGCCACGGACAGAGCGAAGGGGAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 GATGGTAGTGTCTGACTTCCACGTTTTCGTCAGGGATGTGTTGCAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199303 GATGGTAGTGTCTGACTTCCACGTTTTCGTCAGGGATGTGTTGCAGCATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 TGGATTCCATGCAGAAAGACTACCCTGGGCTTCCTGTCTTCCTTCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199353 TGGATTCCATGCAGAAAGACTACCCTGGGCTTCCTGTCTTCCTTCTGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 CACTCCATG         GGAGGCGCCATCGCCATCCTCACGGCCGCAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 199403 CACTCCATGGTA...CAGGGAGGCGCCATCGCCATCCTCACGGCCGCAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432 GAGGCCGGGCCACTTCGCCGGCATGGTACTCATTTCGCCTCTGGTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200710 GAGGCCGGGCCACTTCGCCGGCATGGTACTCATTTCGCCTCTGGTTCTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482 CCAATCCTGAATCTGCAACAACTTTCAAG         GTCCTTGCTGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 200760 CCAATCCTGAATCTGCAACAACTTTCAAGGTA...TAGGTCCTTGCTGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 AAAGTGCTCAACCTTGTGCTGCCAAACTTGTCCCTCGGGCCCATCGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211188 AAAGTGCTCAACCTTGTGCTGCCAAACTTGTCCCTCGGGCCCATCGACTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573 CAGCGTGCTCTCTCGGAATAAGACAGAG         GTCGACATTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 211238 CAGCGTGCTCTCTCGGAATAAGACAGAGGTG...CAGGTCGACATTTATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 ACTCAGACCCCCTGATCTGCCGGGCAGGGCTGAAGGTGTGCTTCGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226664 ACTCAGACCCCCTGATCTGCCGGGCAGGGCTGAAGGTGTGCTTCGGCATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664 CAACTGCTGAATGCCGTCTCACGGGTGGAGCGCGCCCTCCCCAAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226714 CAACTGCTGAATGCCGTCTCACGGGTGGAGCGCGCCCTCCCCAAGCTGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 TGTGCCCTTCCTGCTGCTCCAGGGCTCTGCCGATCGCCTATGTGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226764 TGTGCCCTTCCTGCTGCTCCAGGGCTCTGCCGATCGCCTATGTGACAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764 AAGGGGCCTACCTGCTCATGGAGTTAGCCAAGAGCCAGGACAAGACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226814 AAGGGGCCTACCTGCTCATGGAGTTAGCCAAGAGCCAGGACAAGACTCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 AAG         ATTTATGAAGGTGCCTACCATGTTCTCCACAAGGAGCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226864 AAGGTG...CAGATTTATGAAGGTGCCTACCATGTTCTCCACAAGGAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 TCCTGAAGTCACCAACTCCGTCTTCCATGAAATAAACATGTGGGTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229556 TCCTGAAGTCACCAACTCCGTCTTCCATGAAATAAACATGTGGGTCTCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .
    905 AAAGGACAGCCACGGCAGGAACTGCGTCCCCACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229606 AAAGGACAGCCACGGCAGGAACTGCGTCCCCACCC