seq1 = pF1KE6315.tfa, 1311 bp
seq2 = pF1KE6315/gi568815594f_48383562.tfa (gi568815594f:48383562_48588936), 205375 bp

>pF1KE6315 1311
>gi568815594f:48383562_48588936 (Chr4)

1-590  (100001-100590)   100% ->
591-801  (101371-101581)   100% ->
802-1311  (104866-105375)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGGCAACGACAACGTGACCCTGCTCTTCGCCCCTCTGCTGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGGCAACGACAACGTGACCCTGCTCTTCGCCCCTCTGCTGCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACTACACCCTGGCGCCCAATGCCAGCAGCCTGGGCCCCGGCACGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACTACACCCTGGCGCCCAATGCCAGCAGCCTGGGCCCCGGCACGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGCCCTCGCCCCTGCCTCCAGCGCCGGCCCCGGCCCTGGGCTCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGCCCTCGCCCCTGCCTCCAGCGCCGGCCCCGGCCCTGGGCTCAGCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCCGGGTCCGAGCTTCGGCTTCAGCCCCGGCCCCACTCCGACCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCCGGGTCCGAGCTTCGGCTTCAGCCCCGGCCCCACTCCGACCCCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCCCACGACCAGCGGCCTCGCGGGCGGCGCGGCGAGCCACGGCCCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCCCACGACCAGCGGCCTCGCGGGCGGCGCGGCGAGCCACGGCCCTTCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGTTCCCTCGGCCCTGGGCGCCCCACGCGCTCCCGTTCTGGGACACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGTTCCCTCGGCCCTGGGCGCCCCACGCGCTCCCGTTCTGGGACACGCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGAACCACGGGCTGAACGTGTTCGTGGGCGCCGCCCTGTGCATCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGAACCACGGGCTGAACGTGTTCGTGGGCGCCGCCCTGTGCATCACCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGGGCCTGGGCTGCACGGTGGACGTGAACCACTTCGGGGCGCACGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGGGCCTGGGCTGCACGGTGGACGTGAACCACTTCGGGGCGCACGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTCGGCCCGTGGGCGCGCTGCTGGCAGCGCTCTGCCAGTTCGGCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTCGGCCCGTGGGCGCGCTGCTGGCAGCGCTCTGCCAGTTCGGCCTCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCGCTGCTGGCCTTCCTGCTGGCCCTCGCCTTCAAGCTGGACGAGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCGCTGCTGGCCTTCCTGCTGGCCCTCGCCTTCAAGCTGGACGAGGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGCCGTGGCGGTGCTCCTGTGTGGCTGCTGTCCCGGCGGCAATCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGCCGTGGCGGTGCTCCTGTGTGGCTGCTGTCCCGGCGGCAATCTCTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATCTTATGTCCCTGCTGGTTGACGGCGACATGAACCTCAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100551 ATCTTATGTCCCTGCTGGTTGACGGCGACATGAACCTCAGGTA...CAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCATCATGACCATCTCCTCCACGCTTCTGGCCCTCGTCTTGATGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101372 ATCATCATGACCATCTCCTCCACGCTTCTGGCCCTCGTCTTGATGCCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GTGCCTGTGGATCTACAGCTGGGCTTGGATCAACACCCCTATCGTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101422 GTGCCTGTGGATCTACAGCTGGGCTTGGATCAACACCCCTATCGTGCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TACTACCCCTAGGGACCGTGACCCTGACTCTCTGCAGCACTCTCATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101472 TACTACCCCTAGGGACCGTGACCCTGACTCTCTGCAGCACTCTCATACCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATCGGGTTGGGCGTCTTCATTCGCTACAAATACAGCCGGGTGGCTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101522 ATCGGGTTGGGCGTCTTCATTCGCTACAAATACAGCCGGGTGGCTGACTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CATTGTGAAG         GTTTCCCTGTGGTCTCTGCTAGTGACTCTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101572 CATTGTGAAGGTA...TAGGTTTCCCTGTGGTCTCTGCTAGTGACTCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGGTCCTTTTCATAATGACCGGCACTATGTTAGGACCTGAACTGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104897 TGGTCCTTTTCATAATGACCGGCACTATGTTAGGACCTGAACTGCTGGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AGTATCCCTGCAGCTGTTTATGTGATAGCAATTTTTATGCCTTTGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104947 AGTATCCCTGCAGCTGTTTATGTGATAGCAATTTTTATGCCTTTGGCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CTACGCTTCAGGTTATGGTTTAGCTACTCTCTTCCATCTTCCACCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104997 CTACGCTTCAGGTTATGGTTTAGCTACTCTCTTCCATCTTCCACCCAACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCAAGAGGACTGTATGTCTGGAAACAGGTAGTCAGAATGTGCAGCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105047 GCAAGAGGACTGTATGTCTGGAAACAGGTAGTCAGAATGTGCAGCTCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ACAGCCATTCTAAAACTGGCCTTTCCACCGCAATTCATAGGAAGCATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105097 ACAGCCATTCTAAAACTGGCCTTTCCACCGCAATTCATAGGAAGCATGTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CATGTTTCCTTTGCTGTATGCACTTTTCCAGTCTGCAGAAGCGGGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105147 CATGTTTCCTTTGCTGTATGCACTTTTCCAGTCTGCAGAAGCGGGGATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TTGTTTTAATCTATAAAATGTATGGAAGTGAAATGTTGCACAAGCGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105197 TTGTTTTAATCTATAAAATGTATGGAAGTGAAATGTTGCACAAGCGAGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CCTCTAGATGAAGATGAAGATACAGATATTTCTTATAAAAAACTAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105247 CCTCTAGATGAAGATGAAGATACAGATATTTCTTATAAAAAACTAAAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AGAGGAAATGGCAGACACTTCCTATGGCACAGTGAAAGCAGAAAATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105297 AGAGGAAATGGCAGACACTTCCTATGGCACAGTGAAAGCAGAAAATATAA

   1300     .    :    .    :    .
   1283 TAATGATGGAAACCGCTCAGACTTCTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 105347 TAATGATGGAAACCGCTCAGACTTCTCTC