seq1 = pF1KE6313.tfa, 1245 bp
seq2 = pF1KE6313/gi568815587f_134153601.tfa (gi568815587f:134153601_134364957), 211357 bp

>pF1KE6313 1245
>gi568815587f:134153601_134364957 (Chr11)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-210  (102948-103048)   100% ->
211-380  (103488-103657)   100% ->
381-490  (104915-105024)   100% ->
491-567  (105408-105484)   100% ->
568-705  (106008-106145)   99% ->
706-841  (107444-107579)   100% ->
842-939  (107675-107772)   100% ->
940-1092  (108138-108290)   100% ->
1093-1195  (108920-109022)   100% ->
1196-1245  (111308-111357)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTGGAGCGGCTGCCGGCGTTTCGGGGCGCGCCTCGGCTGCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTGGAGCGGCTGCCGGCGTTTCGGGGCGCGCCTCGGCTGCCTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGGTCTCCGGGTCCTCGTCCAGACCGGCCACCGGAGCTTGACCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCGGTCTCCGGGTCCTCGTCCAGACCGGCCACCGGAGCTTGACCTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATCGACC         CTTCCATGGGACTTAATGAAGAGCAGAAAGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCATCGACCGTA...CAGCTTCCATGGGACTTAATGAAGAGCAGAAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTCAAAAAGTGGCCTTTGACTTTGCTGCCCGAGAGATGGCTCCAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102980 TTTCAAAAAGTGGCCTTTGACTTTGCTGCCCGAGAGATGGCTCCAAATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCAGAGTGGGACCAGAAG         GAGCTGTTCCCAGTGGATGTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103030 GGCAGAGTGGGACCAGAAGGTA...TAGGAGCTGTTCCCAGTGGATGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCGGAAGGCAGCCCAGCTAGGCTTCGGAGGGGTCTACATACAAACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103510 TGCGGAAGGCAGCCCAGCTAGGCTTCGGAGGGGTCTACATACAAACAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGGCGGGTCTGGGCTGTCACGTCTTGATACCTCTGTCATTTTTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103560 GTGGGCGGGTCTGGGCTGTCACGTCTTGATACCTCTGTCATTTTTGAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTGGCTACAGGCTGCACCAGCACCACAGCCTATATAAGCATCCACAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103610 CTTGGCTACAGGCTGCACCAGCACCACAGCCTATATAAGCATCCACAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381        CATGTGTGCCTGGATGATTGATAGCTTCGGAAATGAGGAACAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103660 G...CAGCATGTGTGCCTGGATGATTGATAGCTTCGGAAATGAGGAACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGGCACAAATTTTGCCCACCGCTCTGTACCATGGAGAAGTTTGCTTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104958 AGGCACAAATTTTGCCCACCGCTCTGTACCATGGAGAAGTTTGCTTCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGCCTCACTGAACCAG         GAAGTGGGAGTGATGCTGCCTCTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105008 CTGCCTCACTGAACCAGGTG...CAGGAAGTGGGAGTGATGCTGCCTCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTCTGACCTCCGCTAAGAAACAGGGAGATCATTACATCCTCAATGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105432 TTCTGACCTCCGCTAAGAAACAGGGAGATCATTACATCCTCAATGGCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAG         GCCTTCATCAGTGGTGCTGGTGAGTCAGACATCTATGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105482 AAGGTA...CAGGCCTTCATCAGTGGTGCTGGTGAGTCAGACATCTATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGTCATGTGCCGAACAGGAGGACTAGGCCCCAAGGGCATCTCATGCATAG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 106046 GGTCATGTGCCGAACAGGAGGACCAGGCCCCAAGGGCATCTCATGCATAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGTTGAGAAGGGGACCCCTGGCCTCAGCTTTGGCAAGAAGGAGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106096 TTGTTGAGAAGGGGACCCCTGGCCTCAGCTTTGGCAAGAAGGAGAAAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706          GTGGGGTGGAACTCCCAGCCAACACGAGCTGTGATCTTCGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106146 GTG...CAGGTGGGGTGGAACTCCCAGCCAACACGAGCTGTGATCTTCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGACTGTGCTGTCCCTGTGGCCAACAGAATTGGGAGCGAGGGGCAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107485 AGACTGTGCTGTCCCTGTGGCCAACAGAATTGGGAGCGAGGGGCAGGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCTCATTGCCGTGAGAGGACTGAACGGAGGGAGGATCAATATTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107535 TCCTCATTGCCGTGAGAGGACTGAACGGAGGGAGGATCAATATTGGTG..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842     CTTCCTGCTCCCTGGGGGCTGCCCACGCCTCTGTCATCCTCACCCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107585 .TAGCTTCCTGCTCCCTGGGGGCTGCCCACGCCTCTGTCATCCTCACCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGACCACCTCAATGTCCGGAAGCAGTTTGGAGAGCCTCTGGCCAGTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107721 AGACCACCTCAATGTCCGGAAGCAGTTTGGAGAGCCTCTGGCCAGTAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AG         TACTTGCAATTCACACTGGCTGATATGGCAACAAGGCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107771 AGGTA...CAGTACTTGCAATTCACACTGGCTGATATGGCAACAAGGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGGCCGCGCGGCTGATGGTCCGCAATGCAGCAGTGGCTCTGCAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108177 GTGGCCGCGCGGCTGATGGTCCGCAATGCAGCAGTGGCTCTGCAGGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAGGAAGGATGCAGTGGCCTTGTGCTCCATGGCCAAGCTCTTTGCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108227 GAGGAAGGATGCAGTGGCCTTGTGCTCCATGGCCAAGCTCTTTGCTACAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATGAATGCTTTGCC         ATCTGCAACCAGGCCTTGCAGATGCAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108277 ATGAATGCTTTGCCGTA...CAGATCTGCAACCAGGCCTTGCAGATGCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGGGGCTACGGCTACCTGAAGGATTACGCTGTTCAGCAGTACGTGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108947 GGGGGCTACGGCTACCTGAAGGATTACGCTGTTCAGCAGTACGTGCGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTCCAGGGTCCACCAGATTCTAGAAG         GTAGCAATGAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108997 CTCCAGGGTCCACCAGATTCTAGAAGGTA...CAGGTAGCAATGAAGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1211 TGAGGATACTGATCTCTAGAAGCCTGCTTCAGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111323 TGAGGATACTGATCTCTAGAAGCCTGCTTCAGGAG