seq1 = pF1KE6312.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE6312/gi568815581r_4837744.tfa (gi568815581r:4837744_5039910), 202167 bp

>pF1KE6312 942
>gi568815581r:4837744_5039910 (Chr17)

(complement)

1-95  (100001-100095)   100% ->
96-248  (100699-100851)   100% ->
249-455  (100936-101142)   100% ->
456-546  (101309-101399)   100% ->
547-637  (101482-101572)   100% ->
638-737  (101658-101757)   100% ->
738-789  (101837-101888)   100% ->
790-942  (102015-102167)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGACGGCGAGTGCCGGGGCCGGCGGGATAGACGGGAAGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGACGGCGAGTGCCGGGGCCGGCGGGATAGACGGGAAGCCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACCTCCCCTAAGTCCGTCAAGTTCCTGTTTGGGGGCCTGGCCGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 TACCTCCCCTAAGTCCGTCAAGTTCCTGTTTGGGGGCCTGGCCGGGTA..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     GATGGGAGCTACAGTTTTTGTCCAGCCCCTGGACCTGGTGAAGAAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .CAGGATGGGAGCTACAGTTTTTGTCCAGCCCCTGGACCTGGTGAAGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGATGCAGTTGAGCGGGGAAGGGGCCAAGACTCGAGAGTACAAAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100745 CGGATGCAGTTGAGCGGGGAAGGGGCCAAGACTCGAGAGTACAAAACCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCCATGCCCTCACCAGTATCCTGAAGGCAGAAGGCCTGAGGGGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100795 CTTCCATGCCCTCACCAGTATCCTGAAGGCAGAAGGCCTGAGGGGCATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACTGG         GCTGTCGGCTGGCCTGCTGCGTCAGGCCACCTAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100845 ACACTGGGTA...CAGGCTGTCGGCTGGCCTGCTGCGTCAGGCCACCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCACTACCCGCCTTGGCATCTATACCGTGCTGTTTGAGCGCCTGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100970 ACCACTACCCGCCTTGGCATCTATACCGTGCTGTTTGAGCGCCTGACTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCTGATGGTACTCCCCCTGGCTTTCTGCTGAAGGCTGTGATTGGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101020 GGCTGATGGTACTCCCCCTGGCTTTCTGCTGAAGGCTGTGATTGGCATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCGCAGGTGCCACTGGTGCCTTTGTGGGAACACCAGCCGAAGTGGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101070 CCGCAGGTGCCACTGGTGCCTTTGTGGGAACACCAGCCGAAGTGGCTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCCGCATGACTGCCGATGGCCG         GCTTCCAGCTGACCAGCG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101120 ATCCGCATGACTGCCGATGGCCGGTG...CAGGCTTCCAGCTGACCAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCGTGGCTACAAAAATGTGTTTAACGCCCTGATTCGAATCACCCGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101327 CCGTGGCTACAAAAATGTGTTTAACGCCCTGATTCGAATCACCCGGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGGTGTCCTCACACTGTGGCGG         GGCTGCATCCCTACCATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101377 AGGGTGTCCTCACACTGTGGCGGGTG...CAGGGCTGCATCCCTACCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTCGGGCCGTCGTCGTCAATGCTGCCCAGCTCGCCTCCTACTCCCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101500 GCTCGGGCCGTCGTCGTCAATGCTGCCCAGCTCGCCTCCTACTCCCAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAGCAGTTCTTACTGGACTCAG         GCTACTTCTCTGACAACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101550 CAAGCAGTTCTTACTGGACTCAGGTG...CAGGCTACTTCTCTGACAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTTGTGCCACTTCTGTGCCAGCATGATCAGCGGTCTTGTCACCACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101676 TCTTGTGCCACTTCTGTGCCAGCATGATCAGCGGTCTTGTCACCACTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCTCCATGCCTGTGGACATTGCCAAGACCCG         AATCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101726 GCCTCCATGCCTGTGGACATTGCCAAGACCCGGTG...CAGAATCCAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATGCGGATGATTGATGGGAAGCCGGAATACAAGAACGGGCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101846 CATGCGGATGATTGATGGGAAGCCGGAATACAAGAACGGGCTGGTG...T

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790   GACGTGCTGTTCAAAGTTGTCCGCTACGAGGGCTTCTTCAGCCTGTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102013 AGGACGTGCTGTTCAAAGTTGTCCGCTACGAGGGCTTCTTCAGCCTGTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGGGCTTCACGCCGTACTATGCCCGCCTGGGCCCCCACACCGTCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102063 AAGGGCTTCACGCCGTACTATGCCCGCCTGGGCCCCCACACCGTCCTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTTCATCTTCTTGGAGCAGATGAACAAGGCCTACAAGCGTCTCTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102113 CTTCATCTTCTTGGAGCAGATGAACAAGGCCTACAAGCGTCTCTTCCTCA

   1000     .
    938 GTGGC
        |||||
 102163 GTGGC