seq1 = pF1KE6311.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KE6311/gi568815581r_47737847.tfa (gi568815581r:47737847_47940843), 202997 bp

>pF1KE6311 1275
>gi568815581r:47737847_47940843 (Chr17)

(complement)

1-174  (100001-100174)   100% ->
175-356  (100472-100653)   99% ->
357-556  (101201-101400)   100% ->
557-772  (101838-102053)   100% ->
773-938  (102148-102313)   100% ->
939-1119  (102394-102574)   99% ->
1120-1275  (102842-102997)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCGTCGAGCCCTGACTCCCCATGTTCCTGCGACTGCTTTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCGTCGAGCCCTGACTCCCCATGTTCCTGCGACTGCTTTGTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGCCCCCGGCCTCAGCCATCCCGGCTGTGATCTTTGCCAAGAACTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGCCCCCGGCCTCAGCCATCCCGGCTGTGATCTTTGCCAAGAACTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCGACCCCGGGACGAGGTGCAGGAGGTGGTGTTTGTCCCCGCAGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCGACCCCGGGACGAGGTGCAGGAGGTGGTGTTTGTCCCCGCAGGCACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACACTCCTGGGAGCCGGCTCCAG         TGCACCTACATTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 CACACTCCTGGGAGCCGGCTCCAGGTG...CAGTGCACCTACATTGAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAACAGGTGTCGAAGACGCACGCTGTGATTCTGAGCCGTCCTTCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100489 GGAACAGGTGTCGAAGACGCACGCTGTGATTCTGAGCCGTCCTTCTTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TATGGGGGGCTGAGATGGGCGCCAACGAGCATGGTGTCTGCATTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100539 TATGGGGGGCTGAGATGGGCGCCAACGAGCATGGTGTCTGCATTGGCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGCTGTGTGGACGAGGGAGCCAGTTGGGGAGGGGGAAGCCCTGCTGGG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100589 GAGGCTGTGTGGACGAAGGAGCCAGTTGGGGAGGGGGAAGCCCTGCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATGGACCTACTCAG         GCTGGCTTTGGAACGGAGCAGCTCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100639 CATGGACCTACTCAGGTG...CAGGCTGGCTTTGGAACGGAGCAGCTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCAGGAGGCCTTGCATGTGATCACAGGGTTACTGGAGCACTATGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101227 CCCAGGAGGCCTTGCATGTGATCACAGGGTTACTGGAGCACTATGGGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGGGCAACTGCCTGGAGGATGCTGCGCCATTCTCCTACCATAGCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101277 GGGGGCAACTGCCTGGAGGATGCTGCGCCATTCTCCTACCATAGCACCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTGCTGGCTGACCGCACTGAGGCGTGGGTGCTGGAGACAGCTGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101327 CCTGCTGGCTGACCGCACTGAGGCGTGGGTGCTGGAGACAGCTGGGAGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTGGGCTGCACAGAGGATCCAGG         AGGGGGCCCGCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101377 TCTGGGCTGCACAGAGGATCCAGGGTG...CAGAGGGGGCCCGCAACATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCCAACCAGCTGAGCATTGGCACGGACATCTCGGCCCAACACCCGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101855 TCCAACCAGCTGAGCATTGGCACGGACATCTCGGCCCAACACCCGGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCGGACTCATGCCCAGGCCAAGGGCTGGTGGGATGGGCAGGGTGCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101905 GCGGACTCATGCCCAGGCCAAGGGCTGGTGGGATGGGCAGGGTGCCTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACTTTGCTCAGATCTTCTCCCTGACCCAGCAGCCTGTGCGCATGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101955 ACTTTGCTCAGATCTTCTCCCTGACCCAGCAGCCTGTGCGCATGGAGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GCCAAGGCCCGCTTCCAGGCAGGGCGGGAGCTGCTGCGGCAACGGCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102005 GCCAAGGCCCGCTTCCAGGCAGGGCGGGAGCTGCTGCGGCAACGGCAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773         GGGGCATCACGGCAGAGGTGATGATGGGCATCCTCAGAGACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102055 TT...CAGGGGGCATCACGGCAGAGGTGATGATGGGCATCCTCAGAGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGGAGAGTGGTATCTGTATGGACTCGGGAGGCTTTCGCACCACGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102190 AGGAGAGTGGTATCTGTATGGACTCGGGAGGCTTTCGCACCACGGCCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATGGTGTCTGTCCTGCCCCAGGATCCCACGCAGCCCTGCGTGCACTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102240 ATGGTGTCTGTCCTGCCCCAGGATCCCACGCAGCCCTGCGTGCACTTTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TACCGCCACGCCAGACCCATCCAG         GTCTGTGTTCAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102290 TACCGCCACGCCAGACCCATCCAGGTG...TAGGTCTGTGTTCAAACCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCATCTTCGGGGTGGGGGTGGCCCAGGCCCCCCAGGTGCTGTCCCCCACT
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102411 TCATCTTCGGGATGGGGGTGGCCCAGGCCCCCCAGGTGCTGTCCCCCACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTTGGAGCACAAGACCCTGTTCGGACCCTGCCCCGATTCCAGACTCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102461 TTTGGAGCACAAGACCCTGTTCGGACCCTGCCCCGATTCCAGACTCAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGATCGTCGGCATACCCTCTACCGTGGACACCAGGCAGCCCTGGGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102511 AGATCGTCGGCATACCCTCTACCGTGGACACCAGGCAGCCCTGGGGCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGGAGAGAGATCAG         GATCGGGGGCAGCAGCTCCAGCAGAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102561 TGGAGAGAGATCAGGTA...CAGGATCGGGGGCAGCAGCTCCAGCAGAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CAGCAGGATCTGGAGCAGGAAGGCCTCGAGGCCACACAGGGGCTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102869 CAGCAGGATCTGGAGCAGGAAGGCCTCGAGGCCACACAGGGGCTGCTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CGGCGAGTGGGCCCCACCCCTCTGGGAGCTGGGCGGCCTCTTCCAGGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 102919 CGGCGAGTGGGCCCCACCCCTCTGGGAGCTGGGCAGCCTCTTCCAGGCCT

   1300     .    :    .    :    .
   1247 TCGTGAAGAGGGAGAGCCAGGCTTATGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 102969 TCGTGAAGAGGGAGAGCCAGGCTTATGCG