seq1 = pF1KE6310.tfa, 1251 bp
seq2 = pF1KE6310/gi568815587r_59729487.tfa (gi568815587r:59729487_59945453), 215967 bp

>pF1KE6310 1251
>gi568815587r:59729487_59945453 (Chr11)

(complement)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-256  (101399-101575)   100% ->
257-370  (102313-102426)   100% ->
371-511  (102871-103011)   100% ->
512-693  (104130-104311)   100% ->
694-871  (108103-108280)   100% ->
872-1073  (109445-109646)   100% ->
1074-1192  (113658-113776)   100% ->
1193-1251  (115909-115967)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTGGTTTGCCCTCTACCTCCTGAGCCTTCTCTGGGCTACAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTGGTTTGCCCTCTACCTCCTGAGCCTTCTCTGGGCTACAGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACTAGTACCCAGACCCAGAGTTCATGCT         CCGTTCCCTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 GACTAGTACCCAGACCCAGAGTTCATGCTGTG...CAGCCGTTCCCTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACAGGAGCCCTTGGTCAATGGAATACAAGTACTCATGGAGAACTCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101411 CACAGGAGCCCTTGGTCAATGGAATACAAGTACTCATGGAGAACTCGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTTCATCAGCCTACCCAAACCCCAGCATCCTGATTGCCATGAATCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101461 ACTTCATCAGCCTACCCAAACCCCAGCATCCTGATTGCCATGAATCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGGAGCCTACAACTTGAAGGCCCAGAAGCTCCTGACTTACCAGCTCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101511 CGGAGCCTACAACTTGAAGGCCCAGAAGCTCCTGACTTACCAGCTCATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAGCGACAACAACG         ATCTAACCATTGGGCAGCTCGGCCTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101561 CCAGCGACAACAACGGTG...CAGATCTAACCATTGGGCAGCTCGGCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCATCATGGCCCTCACCTCCTCCTGCCGAGACCCTGGGGATAAAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102339 ACCATCATGGCCCTCACCTCCTCCTGCCGAGACCCTGGGGATAAAGTATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATTCTACAAAGACAAATGGAGAACTGGGCACCTTCCA         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102389 CATTCTACAAAGACAAATGGAGAACTGGGCACCTTCCAGTA...GAGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAACGCTGAAGCATCAGCCTTCTATGGGCCCAGTCTAGCGATCTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102874 CCAACGCTGAAGCATCAGCCTTCTATGGGCCCAGTCTAGCGATCTTGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGTGCCAGAAGAACTCTGAGGCGACCTTGCCGATAGCCGTCCGCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102924 CTGTGCCAGAAGAACTCTGAGGCGACCTTGCCGATAGCCGTCCGCTTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAGACCCTGCTGGCCAACTCCTCTCCCTTCAATGTAG         ACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102974 CAAGACCCTGCTGGCCAACTCCTCTCCCTTCAATGTAGGTG...CAGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGGAGCAATGGCAACCTTGGCTCTGACCTGTATGTACAACAAGATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104133 CAGGAGCAATGGCAACCTTGGCTCTGACCTGTATGTACAACAAGATCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTAGGTTCAGAGGAAGGTTACAGATCCCTGTTTGGTCAGGTACTAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104183 GTAGGTTCAGAGGAAGGTTACAGATCCCTGTTTGGTCAGGTACTAAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATTGTGGAGAAAATCAGCATGAAGATCAAAGATAATGGCATCATTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104233 TATTGTGGAGAAAATCAGCATGAAGATCAAAGATAATGGCATCATTGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACATCTACAGTACTGGCCTCGCCATGCAG         GCTCTCTCTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104283 ACATCTACAGTACTGGCCTCGCCATGCAGGTA...CAGGCTCTCTCTGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACACCTGAGCCATCTAAAAAGGAATGGAACTGCAAGAAGACTACGGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108115 ACACCTGAGCCATCTAAAAAGGAATGGAACTGCAAGAAGACTACGGATAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GATACTCAATGAGATTAAGCAGGGGAAATTCCACAACCCCATGTCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108165 GATACTCAATGAGATTAAGCAGGGGAAATTCCACAACCCCATGTCCATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTCAAATCCTCCCTTCCCTGAAAGGCAAGACATACCTAGATGTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108215 CTCAAATCCTCCCTTCCCTGAAAGGCAAGACATACCTAGATGTGCCCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTCACTTGTAGTCCTG         ATCATGAGGTACAACCAACTCTACC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108265 GTCACTTGTAGTCCTGGTA...CAGATCATGAGGTACAACCAACTCTACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAGCAACCCTGGCCCTGGCCCCACCTCTGCATCTAACATCACTGTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109470 CAGCAACCCTGGCCCTGGCCCCACCTCTGCATCTAACATCACTGTCATAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACACCATAAATAACCAGCTGAGGGGGGTTGAGCTGCTCTTCAACGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109520 ACACCATAAATAACCAGCTGAGGGGGGTTGAGCTGCTCTTCAACGAGACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATCAATGTTAGTGTGAAAAGTGGGTCAGTGTTACTTGTTGTCCTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109570 ATCAATGTTAGTGTGAAAAGTGGGTCAGTGTTACTTGTTGTCCTAGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGCACAGCGCAAAAATCCTATGTTCAA         ATTTGAAACCACAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109620 AGCACAGCGCAAAAATCCTATGTTCAAGTG...TAGATTTGAAACCACAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGACATCTTGGGGCCTTGTCGTCTCTTCTATCAACAATATCGCGGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113672 TGACATCTTGGGGCCTTGTCGTCTCTTCTATCAACAATATCGCGGAAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTTAATCACAAGACATACTGGCAGTTTCTTAGTGGTGTAACACCTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113722 GTTAATCACAAGACATACTGGCAGTTTCTTAGTGGTGTAACACCTTTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGAAG         GGGTTGCTGACTACATACCCTTCAACCACGAGCACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113772 TGAAGGTG...CAGGGGTTGCTGACTACATACCCTTCAACCACGAGCACA

   1300     .    :    .    :
   1229 TCACAGCCAATTTCACACAGTAC
        |||||||||||||||||||||||
 115945 TCACAGCCAATTTCACACAGTAC