seq1 = pF1KE6308.tfa, 1179 bp
seq2 = pF1KE6308/gi568815586r_121739731.tfa (gi568815586r:121739731_121957821), 218091 bp

>pF1KE6308 1179
>gi568815586r:121739731_121957821 (Chr12)

(complement)

1-30  (99107-99135)   96% ->
31-93  (100003-100065)   100% ->
94-198  (100390-100494)   99% ->
199-241  (101197-101239)   100% ->
242-324  (101416-101498)   100% ->
325-414  (103030-103119)   100% ->
415-518  (108032-108135)   100% ->
519-596  (108746-108823)   100% ->
597-759  (110608-110770)   100% ->
760-831  (110889-110960)   100% ->
832-954  (113990-114112)   100% ->
955-1071  (117774-117890)   100% ->
1072-1179  (117984-118091)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGACTTACAGTGACAAAGGGGCAAAG         CCTGAGAGAGG
        |-||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  99107 A GACGACTTACAGTGACAAAGGGGCAAAGGTA...CAGCCTGAGAGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCGATTCCTCCACTTCCACTCTGTGACCTTCTGGGTTGGCAACGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 CCGATTCCTCCACTTCCACTCTGTGACCTTCTGGGTTGGCAACGCCAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AG         GCCGCGTCATTCTACTGCAGCAAGATGGGCTTTGAACCT
        ||>>>...>>>||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100064 AGGTA...CAGGCCACGTCATTCTACTGCAGCAAGATGGGCTTTGAACCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTAGCCTACAGGGGCCTGGAGACCGGTTCCCGGGAGGTGGTCAGCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100429 CTAGCCTACAGGGGCCTGGAGACCGGTTCCCGGGAGGTGGTCAGCCATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AATCAAACAAGGGAAG         ATTGTGTTTGTCCTCTCCTCAGCGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100479 AATCAAACAAGGGAAGGTG...TAGATTGTGTTTGTCCTCTCCTCAGCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TCAACCCCTGGAACAAAG         AGATGGGCGATCACCTGGTGAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101222 TCAACCCCTGGAACAAAGGTG...CAGAGATGGGCGATCACCTGGTGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 CACGGTGACGGAGTGAAGGACATTGCGTTCGAGGTGGAAGATTGTGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101439 CACGGTGACGGAGTGAAGGACATTGCGTTCGAGGTGGAAGATTGTGACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CATCGTGCAG         AAAGCACGGGAACGGGGCGCCAAAATCATGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101489 CATCGTGCAGGTA...CAGAAAGCACGGGAACGGGGCGCCAAAATCATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 GGGAGCCCTGGGTAGAGCAAGACAAGTTTGGGAAGGTGAAGTTTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103061 GGGAGCCCTGGGTAGAGCAAGACAAGTTTGGGAAGGTGAAGTTTGCTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CTGCAGACG         TATGGGGACACCACACACACCCTGGTGGAGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103111 CTGCAGACGGTG...TAGTATGGGGACACCACACACACCCTGGTGGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 GATGAACTACATCGGCCAATTCTTGCCTGGATATGAGGCCCCAGCGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108064 GATGAACTACATCGGCCAATTCTTGCCTGGATATGAGGCCCCAGCGTTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TGGACCCCCTACTTCCTAAACT         GCCCAAATGCAGTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108114 TGGACCCCCTACTTCCTAAACTGTG...CAGGCCCAAATGCAGTCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 ATGATCGACCACATTGTGGGAAACCAGCCTGATCAGGAGATGGTGTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108765 ATGATCGACCACATTGTGGGAAACCAGCCTGATCAGGAGATGGTGTCCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CTCCGAATG         GTACCTGAAAAACCTGCAGTTCCACCGCTTCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 108815 CTCCGAATGGTG...CAGGTACCTGAAAAACCTGCAGTTCCACCGCTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 GGTCCGTGGATGACACGCAGGTGCACACGGAATATAGCTCTCTGCGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110640 GGTCCGTGGATGACACGCAGGTGCACACGGAATATAGCTCTCTGCGATCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 ATTGTGGTGGCCAACTATGAAGAGTCCATCAAGATGCCCATCAATGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110690 ATTGTGGTGGCCAACTATGAAGAGTCCATCAAGATGCCCATCAATGAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGCGCCTGGCAAGAAGAAGTCCCAGATCCAG         GAATATGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110740 AGCGCCTGGCAAGAAGAAGTCCCAGATCCAGGTG...CAGGAATATGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 ACTATAACGGGGGCGCTGGGGTCCAGCACATCGCTCTCAAGACCGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110899 ACTATAACGGGGGCGCTGGGGTCCAGCACATCGCTCTCAAGACCGAAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 ATCATCACAGCG         ATTCGCCACTTGAGAGAGAGAGGCCTGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110949 ATCATCACAGCGGTT...CAGATTCGCCACTTGAGAGAGAGAGGCCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GTTCTTATCTGTTCCCTCCACGTACTACAAACAACTGCGGGAGAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114019 GTTCTTATCTGTTCCCTCCACGTACTACAAACAACTGCGGGAGAAGCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 AGACGGCCAAGATCAAGGTGAAGGAGAACATTGATGCCCTGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114069 AGACGGCCAAGATCAAGGTGAAGGAGAACATTGATGCCCTGGAGGTG...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    955    GAGCTGAAAATCCTGGTGGACTACGACGAGAAAGGCTACCTCCTGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117771 TAGGAGCTGAAAATCCTGGTGGACTACGACGAGAAAGGCTACCTCCTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GATCTTCACCAAACCGGTGCAGGACCGGCCCACGCTCTTCCTGGAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117821 GATCTTCACCAAACCGGTGCAGGACCGGCCCACGCTCTTCCTGGAAGTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TCCAGCGCCACAACCACCAG         GGTTTTGGAGCCGGCAACTTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 117871 TCCAGCGCCACAACCACCAGGTA...CAGGGTTTTGGAGCCGGCAACTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 AACTCACTGTTCAAGGCTTTCGAGGAGGAGCAGAACCTGCGGGGTAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118005 AACTCACTGTTCAAGGCTTTCGAGGAGGAGCAGAACCTGCGGGGTAACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .
   1143 CACCAACATGGAGACCAATGGGGTGGTGCCCGGCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118055 CACCAACATGGAGACCAATGGGGTGGTGCCCGGCATG