seq1 = pF1KE6307.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE6307/gi568815596f_47269506.tfa (gi568815596f:47269506_47486610), 217105 bp

>pF1KE6307 942
>gi568815596f:47269506_47486610 (Chr2)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-184  (103958-104065)   100% ->
185-425  (104303-104543)   99% ->
426-491  (105729-105794)   100% ->
492-555  (107509-107572)   100% ->
556-657  (109448-109549)   100% ->
658-858  (110264-110464)   100% ->
859-903  (115661-115705)   100% ->
904-942  (117067-117105)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCCCCGCAGGTCCTCGCGTTCGGGCTTCTGCTTGCCGCGGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCCCCCGCAGGTCCTCGCGTTCGGGCTTCTGCTTGCCGCGGCGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGACTTTTGCCGCAGCTCAGGAAG         AATGTGTCTGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 GGCGACTTTTGCCGCAGCTCAGGAAGGTG...TAGAATGTGTCTGTGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTACAAGCTGGCCGTAAACTGCTTTGTGAATAATAATCGTCAATGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103973 ACTACAAGCTGGCCGTAAACTGCTTTGTGAATAATAATCGTCAATGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTACTTCAGTTGGTGCACAAAATACTGTCATTTGCTCAAAGC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104023 TGTACTTCAGTTGGTGCACAAAATACTGTCATTTGCTCAAAGCGTG...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    185   TGGCTGCCAAATGTTTGGTGATGAAGGCAGAAATGAATGGCTCAAAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104301 AGTGGCTGCCAAATGTTTGGTGATGAAGGCAGAAATGAATGGCTCAAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGGGAGAAGAGCAAAACCTGAAGGGGCCCTCCAGAACAATGATGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104351 TTGGGAGAAGAGCAAAACCTGAAGGGGCCCTCCAGAACAATGATGGGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGATCCTGACTGCGATGAGAGCGGGCTCTTTAAGGCCAAGCAGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104401 TATGATCCTGACTGCGATGAGAGCGGGCTCTTTAAGGCCAAGCAGTGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGGCACCTCCACGTGCTGGTGTGTGAACACTGCTGGGGTCAGAAGAACAG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104451 CGGCACCTCCATGTGCTGGTGTGTGAACACTGCTGGGGTCAGAAGAACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAAGGACACTGAAATAACCTGCTCTGAGCGAGTGAGAACCTA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104501 ACAAGGACACTGAAATAACCTGCTCTGAGCGAGTGAGAACCTAGTG...T

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    426   CTGGATCATCATTGAACTAAAACACAAAGCAAGAGAAAAACCTTATGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105727 AGCTGGATCATCATTGAACTAAAACACAAAGCAAGAGAAAAACCTTATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAGTAAAAGTTTGCGGAC         TGCACTTCAGAAGGAGATCACAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105777 TAGTAAAAGTTTGCGGACGTA...CAGTGCACTTCAGAAGGAGATCACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGCGTTATCAACTGGATCCAAAATTTATCACGAGTATTTTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107532 CGCGTTATCAACTGGATCCAAAATTTATCACGAGTATTTTGGTA...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATGAGAATAATGTTATCACTATTGATCTGGTTCAAAATTCTTCTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109448 TATGAGAATAATGTTATCACTATTGATCTGGTTCAAAATTCTTCTCAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACTCAGAATGATGTGGACATAGCTGATGTGGCTTATTATTTTGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109498 AACTCAGAATGATGTGGACATAGCTGATGTGGCTTATTATTTTGAAAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AT         GTTAAAGGTGAATCCTTGTTTCATTCTAAGAAAATGGAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109548 ATGTG...CAGGTTAAAGGTGAATCCTTGTTTCATTCTAAGAAAATGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGACAGTAAATGGGGAACAACTGGATCTGGATCCTGGTCAAACTTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110303 CTGACAGTAAATGGGGAACAACTGGATCTGGATCCTGGTCAAACTTTAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTATTATGTTGATGAAAAAGCACCTGAATTCTCAATGCAGGGTCTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110353 TTATTATGTTGATGAAAAAGCACCTGAATTCTCAATGCAGGGTCTAAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGGTGTTATTGCTGTTATTGTGGTTGTGGTGATAGCAGTTGTTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110403 CTGGTGTTATTGCTGTTATTGTGGTTGTGGTGATAGCAGTTGTTGCTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATTGTTGTGCTG         GTTATTTCCAGAAAGAAGAGAATGGCAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110453 ATTGTTGTGCTGGTG...CAGGTTATTTCCAGAAAGAAGAGAATGGCAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTATGAGAAGGCTGAG         ATAAAGGAGATGGGTGAGATGCATA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 115690 GTATGAGAAGGCTGAGGTA...CAGATAAAGGAGATGGGTGAGATGCATA

   1000     .    :
    929 GGGAACTCAATGCA
        ||||||||||||||
 117092 GGGAACTCAATGCA