seq1 = pF1KE6306.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KE6306/gi568815588f_102626637.tfa (gi568815588f:102626637_102837759), 211123 bp

>pF1KE6306 966
>gi568815588f:102626637_102837759 (Chr10)

1-161  (100001-100161)   100% ->
162-332  (100351-100521)   100% ->
333-431  (101795-101893)   100% ->
432-507  (102683-102758)   100% ->
508-593  (103087-103172)   100% ->
594-654  (105087-105147)   100% ->
655-721  (105516-105582)   100% ->
722-771  (106223-106272)   100% ->
772-821  (106918-106967)   100% ->
822-869  (109226-109273)   100% ->
870-966  (111027-111123)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCTGACCTGTCTGGCTTTAACATCGATGCCCCCCGTTGGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCTGACCTGTCTGGCTTTAACATCGATGCCCCCCGTTGGGACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCACCTTCCTGGGGAGAGTGAAGCACTTCCTAAACATCACGGACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCACCTTCCTGGGGAGAGTGAAGCACTTCCTAAACATCACGGACCCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCACTGTCTTTGTATCTGAGCGGGAGCTGGACTGGGCCAAGGTGATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCACTGTCTTTGTATCTGAGCGGGAGCTGGACTGGGCCAAGGTGATGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGAAGAGCAG         GATGGGGGTTGTGCCCCCAGGCACCCAAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGAAGAGCAGGTG...CAGGATGGGGGTTGTGCCCCCAGGCACCCAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGCAGCTGCTGTATGCCAAGAAGCTGTATGACTCGGCCTTCCACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100381 GGAGCAGCTGCTGTATGCCAAGAAGCTGTATGACTCGGCCTTCCACCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACTGGGGAGAAGATGAATGTCATCGGGCGCATGTCTTTCCAGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100431 ACACTGGGGAGAAGATGAATGTCATCGGGCGCATGTCTTTCCAGCTTCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCGGCATGATCATCACGGGCTTCATGCTCCAGTTCTACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100481 GGCGGCATGATCATCACGGGCTTCATGCTCCAGTTCTACAGGTG...TAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACGATGCCGGCGGTGATCTTCTGGCAGTGGGTGAACCAGTCCTTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101795 GACGATGCCGGCGGTGATCTTCTGGCAGTGGGTGAACCAGTCCTTCAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCTTAGTCAACTACACCAACAGGAATGCGGCTTCCCCCACATCAGTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101845 CCTTAGTCAACTACACCAACAGGAATGCGGCTTCCCCCACATCAGTCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432         GCAGATGGCCCTTTCCTACTTCACAGCCACAACCACTGCTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101895 TA...CAGGCAGATGGCCCTTTCCTACTTCACAGCCACAACCACTGCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCCACGGCTGTGGGCATGAACATGTTGACAAAG         AAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102725 GGCCACGGCTGTGGGCATGAACATGTTGACAAAGGTA...CAGAAAGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CGCCCTTGGTGGGCCGCTGGGTGCCCTTTGCCGCTGTGGCTGCGGCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103094 CGCCCTTGGTGGGCCGCTGGGTGCCCTTTGCCGCTGTGGCTGCGGCTAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGTGTCAATATCCCCATGATGCGACAGCA         GGAGCTCATAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103144 TGTGTCAATATCCCCATGATGCGACAGCAGTG...TAGGGAGCTCATAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGAATCTGCGTGAAGGACAGGAATGAAAATGAGATTGGTCATTCCCGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 105099 GGGAATCTGCGTGAAGGACAGGAATGAAAATGAGATTGGTCATTCCCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655         AGAGCTGCGGCCATAGGCATCACCCAAGTAGTTATTTCTCGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105149 TG...CAGAGAGCTGCGGCCATAGGCATCACCCAAGTAGTTATTTCTCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATCACCATGTCAGCTCCTGGGATGA         TCTTGCTGCCAGTCAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105558 ATCACCATGTCAGCTCCTGGGATGAGTA...CAGTCTTGCTGCCAGTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CATGGAAAGGCTTGAGAAATTGCACTTCATGCAG         AAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106239 CATGGAAAGGCTTGAGAAATTGCACTTCATGCAGGTA...CAGAAAGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGGTCCTGCACGCCCCATTGCAGGTCATGCTGAGCGGGTGCTT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106925 AGGTCCTGCACGCCCCATTGCAGGTCATGCTGAGCGGGTGCTTGTA...C

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    822   CCTCATCTTCATGGTGCCAGTGGCGTGTGGGCTTTTCCCACAGAAATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109224 AGCCTCATCTTCATGGTGCCAGTGGCGTGTGGGCTTTTCCCACAGAAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870          TGAATTGCCAGTTTCCTATCTGGAACCGAAGCTCCAAGACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109274 GTA...CAGTGAATTGCCAGTTTCCTATCTGGAACCGAAGCTCCAAGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CTATCAAGGCCAAGTATGGAGAACTTGAGCCTTATGTCTACTTCAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111068 CTATCAAGGCCAAGTATGGAGAACTTGAGCCTTATGTCTACTTCAATAAG

   1050     .
    961 GGTCTC
        ||||||
 111118 GGTCTC