seq1 = pF1KE6304.tfa, 1329 bp
seq2 = pF1KE6304/gi568815581f_13969606.tfa (gi568815581f:13969606_14307210), 337605 bp

>pF1KE6304 1329
>gi568815581f:13969606_14307210 (Chr17)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-177  (104718-104851)   100% ->
178-499  (107130-107451)   99% ->
500-624  (132513-132637)   99% ->
625-695  (190272-190342)   100% ->
696-928  (222384-222616)   99% ->
929-1329  (237205-237605)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCATCTCCGCACACTCTCTCCTCACGCCTCCTGACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGGCCGCATCTCCGCACACTCTCTCCTCACGCCTCCTGACAGGTA...T

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   GTTGCGTAGGAGGCTCTGTCTGGTATCTTGAAAGAAGAACTATACAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104716 AGGTTGCGTAGGAGGCTCTGTCTGGTATCTTGAAAGAAGAACTATACAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTCCCCTCACAAGTTCTTACATCTTCTCAGGAATGTCAATAAGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104766 ACTCCCCTCACAAGTTCTTACATCTTCTCAGGAATGTCAATAAGCAGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTACATTTCAGCACTTTAGCTTCCTCAAACGCATG         TATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104816 ATTACATTTCAGCACTTTAGCTTCCTCAAACGCATGGTA...TAGTATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACACAGCTGAACAGAAGCCACAACCAGCAAGTAAGACCCAAGCCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107135 CACACAGCTGAACAGAAGCCACAACCAGCAAGTAAGACCCAAGCCAGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGTAGCATCTCCTTTCCTTGAAAAAACATCTTCAGGTCAAGCCAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107185 CAGTAGCATCTCCTTTCCTTGAAAAAACATCTTCAGGTCAAGCCAAAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAATATATGAGATGAGACCTCTCTCACCGCCCAGCCTATCTTTGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107235 GAAATATATGAGATGAGACCTCTCTCACCGCCCAGCCTATCTTTGTCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAGCCAAATGAAAAGGAATTGATAGAACTAGAGCCAGACTCAGTAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107285 AAAGCCAAATGAAAAGGAATTGATAGAACTAGAGCCAGACTCAGTAATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGACTCAATAGATGTAGGGAAAGAGACAAAAGAGGAAAAGCGGTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107335 AAGACTCAATAGATGTAGGGAAAGAGACAAAAGAGGAAAAGCGGTGGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGATGAAGCTGCAAGTGTATGATTTGCCAGGAATTTTGGCTCAACTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 107385 GAGATGAAGCTGCAAGTGTATGATTTGCCAGGAATTTTGGCTCGACTATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAAATCAAACTCACAG         CTCTAGTTGTAAGTACCACTGCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>|||| |||||||||||||||||||
 107435 CAAAATCAAACTCACAGGTA...CAGCTCTGGTTGTAAGTACCACTGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGGATTTGCATTGGCTCCGGGCCCTTTTGACTGGCCCTGTTTCCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132537 CTGGATTTGCATTGGCTCCGGGCCCTTTTGACTGGCCCTGTTTCCTGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACTTCTGTTGGGACAGGCCTTGCATCCTGTGCTGCCAACTCCATCAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132587 ACTTCTGTTGGGACAGGCCTTGCATCCTGTGCTGCCAACTCCATCAATCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 G         TTTTTTGAGGTGCCATTTGACTCAAACATGAATAGGACAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132637 GGTC...CAGTTTTTTGAGGTGCCATTTGACTCAAACATGAATAGGACAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGAACAGACCGCTGGTTCGTGGACAGATCAG         CCCGTTGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||| ||||||
 190312 AGAACAGACCGCTGGTTCGTGGACAGATCAGGTA...CAGCCCATTGCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTGTGTCCTTTGCCACTTGTTGTGCTGTTCCGGGAGTTGCCATTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222394 GCTGTGTCCTTTGCCACTTGTTGTGCTGTTCCGGGAGTTGCCATTCTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTTGGGGGTGAATCCACTCACAGGAGCCCTGGGGCTCTTCAACATTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222444 CTTGGGGGTGAATCCACTCACAGGAGCCCTGGGGCTCTTCAACATTTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGTATACCTGCTGCTACACACCACTGAAAAGGATCAGCATTGCCAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222494 TGTATACCTGCTGCTACACACCACTGAAAAGGATCAGCATTGCCAACACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TGGGTCGGAGCTGTGGTTGGGGCCATCCCGCCTGTCATGGGCTGGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222544 TGGGTCGGAGCTGTGGTTGGGGCCATCCCGCCTGTCATGGGCTGGACAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGCCACGGGCAGCCTCGATGCTG         GCGCATTTCTCCTGGGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 222594 GGCCACGGGCAGCCTCGATGCTGGTA...CAGGCGCATTTCTCCTGGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAATCCTCTACTCCTGGCAGTTTCCTCATTTCAACGCCCTGAGCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237223 GAATCCTCTACTCCTGGCAGTTTCCTCATTTCAACGCCCTGAGCTGGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTCCGTGAAGACTACTCCCGGGGCGGCTACTGCATGATGTCGGTCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237273 CTCCGTGAAGACTACTCCCGGGGCGGCTACTGCATGATGTCGGTCACCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CCCGGGCCTGTGCCGGCGCGTGGCGCTGCGCCACTGCCTGGCCCTGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237323 CCCGGGCCTGTGCCGGCGCGTGGCGCTGCGCCACTGCCTGGCCCTGCTCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGCTGTCCGCAGCAGCCCCTGTGCTGGACATCACCACATGGACCTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237373 TGCTGTCCGCAGCAGCCCCTGTGCTGGACATCACCACATGGACCTTCCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATCATGGCCCTTCCCATCAATGCGTACATCTCCTACCTCGGCTTCCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237423 ATCATGGCCCTTCCCATCAATGCGTACATCTCCTACCTCGGCTTCCGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CTACGTGGACGCAGACCGCAGGAGCTCGCGGAGACTGTTCTTCTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237473 CTACGTGGACGCAGACCGCAGGAGCTCGCGGAGACTGTTCTTCTGCAGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGTGGCACCTGCCGCTGCTGCTGCTGCTCATGCTCACCTGCAAGCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237523 TGTGGCACCTGCCGCTGCTGCTGCTGCTCATGCTCACCTGCAAGCGGCCG

   1350     .    :    .    :    .    :
   1297 AGCGGAGGCGGGGACGCAGGGCCCCCTCCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 237573 AGCGGAGGCGGGGACGCAGGGCCCCCTCCCAGC