seq1 = pF1KE6303.tfa, 1041 bp
seq2 = pF1KE6303/gi568815590f_15440431.tfa (gi568815590f:15440431_15848465), 408035 bp

>pF1KE6303 1041
>gi568815590f:15440431_15848465 (Chr8)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-308  (182650-182819)   100% ->
309-426  (210267-210384)   100% ->
427-567  (219077-219217)   100% ->
568-708  (221726-221866)   100% ->
709-798  (233317-233406)   100% ->
799-862  (290236-290299)   100% ->
863-937  (303108-303182)   100% ->
938-1028  (307945-308035)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGCCCGGGGCGCTCCTTCACGCCGTAGGCAAGCGGGGCGGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGCCCGGGGCGCTCCTTCACGCCGTAGGCAAGCGGGGCGGCGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGTACCTGCCCACCGGGAGCTTTCCCTTCCTTCTCCTGCTGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGTACCTGCCCACCGGGAGCTTTCCCTTCCTTCTCCTGCTGCTGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTGCATCCAGCTCGGGGGAGGACAGAAGAAAAAGGAG         AAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 TCTGCATCCAGCTCGGGGGAGGACAGAAGAAAAAGGAGGTA...CAGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTTTAGCTGAAAAAGTAGAGCAGCTGATGGAATGGAGTTCCAGACGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182653 CTTTTAGCTGAAAAAGTAGAGCAGCTGATGGAATGGAGTTCCAGACGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATCTTCCGAATGAATGGTGATAAATTCCGAAAATTTATAAAGGCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182703 AATCTTCCGAATGAATGGTGATAAATTCCGAAAATTTATAAAGGCACCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCGAAACTATTCCATGATTGTTATGTTCACTGCTCTTCAGCCTCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182753 CTCGAAACTATTCCATGATTGTTATGTTCACTGCTCTTCAGCCTCAGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGTGTTCTGTGTGCAG         GCAAGCTAATGAAGAATATCAAAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 182803 CAGTGTTCTGTGTGCAGGTA...CAGGCAAGCTAATGAAGAATATCAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTGGCGAACTCCTGGCGCTATTCATCTGCTTTTTGTAACAAGCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210291 ACTGGCGAACTCCTGGCGCTATTCATCTGCTTTTTGTAACAAGCTCTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAGTATGGTGGACTATGATGAGGGGACAGACGTTTTTCAGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 210341 TCAGTATGGTGGACTATGATGAGGGGACAGACGTTTTTCAGCAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427    CTCAACATGAACTCTGCTCCTACATTCATGCATTTTCCTCCAAAAGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219074 CAGCTCAACATGAACTCTGCTCCTACATTCATGCATTTTCCTCCAAAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGACCTAAGAGAGCTGATACTTTTGACCTCCAAAGAATTGGATTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219124 CAGACCTAAGAGAGCTGATACTTTTGACCTCCAAAGAATTGGATTTGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGAGCAACTAGCAAAGTGGATTGCTGACAGAACGGATGTTCAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 219174 CTGAGCAACTAGCAAAGTGGATTGCTGACAGAACGGATGTTCATGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    568    ATTCGGGTTTTCAGACCACCCAACTACTCTGGTACCATTGCTTTGGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221723 CAGATTCGGGTTTTCAGACCACCCAACTACTCTGGTACCATTGCTTTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTGTTAGTGTCGCTTGTTGGAGGTTTGCTTTATTTGAGAAGGAACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221773 CCTGTTAGTGTCGCTTGTTGGAGGTTTGCTTTATTTGAGAAGGAACAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGAGTTCATCTATAACAAGACTGGTTGGGCCATGGTGTCTCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 221823 TGGAGTTCATCTATAACAAGACTGGTTGGGCCATGGTGTCTCTGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    709    TGTATAGTCTTTGCTATGACTTCTGGCCAGATGTGGAACCATATCCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233314 CAGTGTATAGTCTTTGCTATGACTTCTGGCCAGATGTGGAACCATATCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGACCTCCATATGCTCATAAGAACCCACACAATGGACAAGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 233364 TGGACCTCCATATGCTCATAAGAACCCACACAATGGACAAGTGGTA...T

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    799   AGCTACATTCATGGGAGCAGCCAGGCTCAGTTTGTGGCAGAATCACAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 290234 AGAGCTACATTCATGGGAGCAGCCAGGCTCAGTTTGTGGCAGAATCACAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATTATTCTGGTACTGA         ATGCCGCTATCACCATGGGGATGGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 290284 ATTATTCTGGTACTGAGTA...CAGATGCCGCTATCACCATGGGGATGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCTTCTAAATGAAGCAGCAACTTCGAAAGGCGATGTTGGAAAAAGACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303133 TCTTCTAAATGAAGCAGCAACTTCGAAAGGCGATGTTGGAAAAAGACGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938          TAATTTGCCTAGTGGGATTGGGCCTGGTGGTCTTCTTCTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303183 GTA...TAGTAATTTGCCTAGTGGGATTGGGCCTGGTGGTCTTCTTCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGTTTTCTACTTTCAATATTTCGTTCCAAGTACCACGGCTATCCTTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307986 AGTTTTCTACTTTCAATATTTCGTTCCAAGTACCACGGCTATCCTTATAG