seq1 = pF1KE6301.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KE6301/gi568815587r_47140119.tfa (gi568815587r:47140119_47348789), 208671 bp

>pF1KE6301 1269
>gi568815587r:47140119_47348789 (Chr11)

(complement)

1-114  (100001-100114)   99% ->
115-210  (100657-100752)   100% ->
211-297  (101063-101149)   100% ->
298-450  (102956-103108)   100% ->
451-549  (103218-103316)   98% ->
550-639  (103396-103485)   100% ->
640-772  (103923-104055)   100% ->
773-855  (105469-105551)   100% ->
856-962  (105666-105772)   100% ->
963-1138  (105892-106067)   100% ->
1139-1269  (108541-108671)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCAAGCGGTCCGGCTGGAGCCGGGCGGCTCTCCTCCAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCAAGCGGTCCGGCTGGAGCCGGGCGGCTCTCCTCCAGCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCGGCGTGAACCTGGTGGTGATGCCGCCCACCCAGGCCCGGAGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 100051 TCTCGGCGTGAACCTGGTGGTGATGCCGCCCACCCGGGCCCGGAGTCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTCGTTACCTTG         CTGTACCGCCATGGAGACCGTTCACCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTCGTTACCTTGGTA...CAGCTGTACCGCCATGGAGACCGTTCACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGAAGACATATCCCAAGGACCCCTATCAGGAAGAAGAATGGCCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100684 GTGAAGACATATCCCAAGGACCCCTATCAGGAAGAAGAATGGCCCCAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTTGGTCAGTTAACCAAG         GAGGGGATGCTACAGCACTGGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100734 GTTTGGTCAGTTAACCAAGGTG...CAGGAGGGGATGCTACAGCACTGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACTGGGCCAGGCCCTGCGGCAGCGCTATCACGGCTTCCTAAACACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101085 AACTGGGCCAGGCCCTGCGGCAGCGCTATCACGGCTTCCTAAACACCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATCACCGGCAAGAG         GTTTATGTGCGAAGCACAGACTTTGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101135 TATCACCGGCAAGAGGTA...CAGGTTTATGTGCGAAGCACAGACTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCGGACTCTCATGAGTGCTGAGGCCAACCTGGCTGGACTCTTCCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102982 CCGGACTCTCATGAGTGCTGAGGCCAACCTGGCTGGACTCTTCCCTCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGGGATGCAGCGCTTCAACCCGAACATCTCGTGGCAGCCTATTCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103032 ACGGGATGCAGCGCTTCAACCCGAACATCTCGTGGCAGCCTATTCCTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACACTGTGCCCATCACTGAGGACAGG         CTGCTGAAGTTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103082 CACACTGTGCCCATCACTGAGGACAGGGTA...CAGCTGCTGAAGTTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTTGGGCCCATGTCCCCGTTATGAGCAGCTACAGAACGAGACCCGGCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 103232 GTTGGGCCCATGTCCCCGTTATGAGCAGCTGCAGAACGAGACCCGGCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CACCAGAGTATCAGAATGAGAGTTCTCGGAATGCA         CAATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103282 CACCAGAGTATCAGAATGAGAGTTCTCGGAATGCAGTG...TAGCAATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGGACATGGTGGCCAACGAGACAGGGCTTACAGACCTGACACTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103402 CTGGACATGGTGGCCAACGAGACAGGGCTTACAGACCTGACACTGGAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGTCTGGAATGTCTATGACACACTCTTCTGTGAG         CAAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103452 CGTCTGGAATGTCTATGACACACTCTTCTGTGAGGTG...CAGCAAACGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACGGGCTGCGCCTGCCGCCCTGGGCCTCACCCCAAACCATGCAGCGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103930 ACGGGCTGCGCCTGCCGCCCTGGGCCTCACCCCAAACCATGCAGCGTCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGCCGGCTAAAGGACTTCAGCTTCCGCTTCCTCTTCGGAATCTACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103980 AGCCGGCTAAAGGACTTCAGCTTCCGCTTCCTCTTCGGAATCTACCAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGCGGAGAAGGCCCGGCTTCAGGGGG         GAGTCCTGCTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104030 GGCGGAGAAGGCCCGGCTTCAGGGGGGTG...CAGGAGTCCTGCTGGCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGATAAGGAAGAACCTGACCCTAATGGCGACCACCTCCCAGCTCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105484 AGATAAGGAAGAACCTGACCCTAATGGCGACCACCTCCCAGCTCCCCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGCTGGTTTACTCTGCG         CACGACACTACCCTGGTTGCCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105534 CTGCTGGTTTACTCTGCGGTG...CAGCACGACACTACCCTGGTTGCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCAAATGGCACTGGATGTCTACAATGGTGAACAAGCCCCCTACGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105689 GCAAATGGCACTGGATGTCTACAATGGTGAACAAGCCCCCTACGCCTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCCACATATTTGAACTGTACCAGGAAGATTCTGG         GAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 105739 GCCACATATTTGAACTGTACCAGGAAGATTCTGGGTG...CAGGAATTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCAGTGGAGATGTACTTTCGGAACGAGAGTGACAAGGCCCCCTGGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105899 TCAGTGGAGATGTACTTTCGGAACGAGAGTGACAAGGCCCCCTGGCCGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAGCCTGCCTGGCTGCCCTCACCGCTGCCCACTGCAGGACTTCCTTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105949 CAGCCTGCCTGGCTGCCCTCACCGCTGCCCACTGCAGGACTTCCTTCGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCACAGAGCCCGTCGTGCCCAAGGATTGGCAGCAGGAGTGCCAGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105999 TCACAGAGCCCGTCGTGCCCAAGGATTGGCAGCAGGAGTGCCAGCTGGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGCGGTCCTGCAGACACAG         AGGTGATTGTGGCCTTGGCTGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 106049 AGCGGTCCTGCAGACACAGGTG...CAGAGGTGATTGTGGCCTTGGCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ATGTGGCTCCATCCTCTTCCTCCTCATAGTGCTGCTCCTCACCGTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108563 ATGTGGCTCCATCCTCTTCCTCCTCATAGTGCTGCTCCTCACCGTCCTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCCGGATGCAGGCCCAGCCTCCTGGCTACCGCCACGTCGCAGATGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108613 TCCGGATGCAGGCCCAGCCTCCTGGCTACCGCCACGTCGCAGATGGGGAG

   1350     .
   1261 GACCACGCC
        |||||||||
 108663 GACCACGCC