seq1 = pF1KE6294.tfa, 648 bp
seq2 = pF1KE6294/gi568815589r_40381710.tfa (gi568815589r:40381710_43211924), 2830215 bp

>pF1KE6294 648
>gi568815589r:40381710_43211924 (Chr9)

(complement)

1-97  (99997-100093)   96% ->
98-235  (100522-100659)   94% ->
236-357  (100868-100990)   95% ->
358-572  (101200-101415)   95% ->
573-648  (101833-101908)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTCTAAATAAAAAATATGGGAGCTACCTTGGTGTCAACTTGGGTTT
        ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 ATGCTTCTAAATAAAACATTTGGGAGCTACCTTGGTGTCAACTTGGGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCTTCGGAGTCACCATGGGAGTGCACGTGGCAGGCCGCATCTCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100047 TGGCTTCGGAGTCACCATGGGAGTGCACGTGGCAGGCCGCATCTCTGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       GAGCCCACATGAACGCAGCTGTGACCTTTGCTAACTGTGCGCTG
        ...>>>|||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||| |||
 100097 ...CAGGAGCCCACATGAACGCAGCTGTGAGCTTCACTAACTGTGCACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCCGCGTGCCCTGGAGGAAGTTTCCGGTCTATGTGCTGGGGCAGTTCCT
        ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100566 GGCCGTGTGCCCTGGAGGAAGTTTCCAGTCTATGTGCTGGGGCAGTTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGCTCCTTCCTGGCGGCTGCCACCATCTACAGTCTCTTCTACA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||>>>...
 100616 GGGCTCCTTCCTGGCGGCTGCCACCATCTACAGACTCTTCTACAGTG...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    236    CGGCCATTCTCCACTTTTCGGGTGGACAGCTGATGGTGACCGGTCCC
        >>> ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100865 CAGTGGCCATTCTCCACTTTTCGGGTGGAGAGCTGATGGTGACCGGTCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCGCTACAGCTGGCATTTTTGCCACCTACCTTCCTGATCACATGACATT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100915 GTTGCTACAGCTGGCATTTTTGCCACCTACCTTCCTGATCACATGACATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGGCGGGGCTTCCTGAATGAGG CG         TGGCTGACCGGGATG
        |||||||||||||||||||||||-| >>>...>>>|||||||||||||||
 100965 GTGGCGGGGCTTCCTGAATGAGGTCAGTG...GAGTGGCTGACCGGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 CTCCAGCTGTGTCTCTTCGCCATCACGGACCAGGAGAACAACCCAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
 101215 CTCCAGCTGTGTCTCTTCGCCATCACGGACCGGGAGAAAAACCCAGCACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 GCCAGGAACAGAGGCGCTGGTGATAGGCATCCTCGTGGTCATCATCGGGG
        |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 101265 GCCAGGAACACACGCGCTGGTGATAGGCATCCTCGTGGTCATCATCAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 TGTCCCTTGGCATGAACACAGGATATGCCATCAACCCGTCCCGGGACCTG
        |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
 101315 TGTCCCATGGCATGAACACAGGATATGCCATCAATCCATCCCGGGACCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 CCCCCCC GCATCTTCACCTTCATTGCTGGTTGGGGCAAACAGGTCTTCA
        |||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101365 CCCCCCCCGCATCTTCACCTTCATTGCTGGTTGGGGCAAACAGGTCTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572 G         GTGGCATCATCTACCTGGTCTTCATTGGCTCCACCATCCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101415 GGTA...TAGGTGGCATCATCTACCTGGTCTTCATTGGCTCCACCATCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .
    613 ACGGGAGCCCCTGAAATTGGAGGATTCTGTGGCGTA
        ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||
 101873 ACGGGAGCCACTGAAATTGGAGGACTCTGTGGCATA