seq1 = pF1KE6289.tfa, 918 bp
seq2 = pF1KE6289/gi568815581f_38197184.tfa (gi568815581f:38197184_38422592), 225409 bp

>pF1KE6289 918
>gi568815581f:38197184_38422592 (Chr17)

1-66  (100001-100066)   98% ->
67-244  (101266-101443)   100% ->
245-362  (102168-102285)   100% ->
363-461  (109350-109448)   100% ->
462-510  (121504-121552)   97% ->
511-660  (123435-123584)   100% ->
661-834  (124943-125116)   100% ->
835-918  (125326-125409)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCCCCCATACCTCAAGGGTTCTCTTGTTTATCGAGGTTTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCCCCCATACCTCAAGGGTTCTCTTGTTTATCGAGGTTTTTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGTGGTTTCGGCAG         CCAGTTCTGGTGACTCAGTCCGCAG
        |||||||| |||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGTGGTCTCGGCAGGTG...CAGCCAGTTCTGGTGACTCAGTCCGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTATAGTTCCAGTAAGAACTAAAAAACGTTTCACACCTCCTATTTATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101291 CTATAGTTCCAGTAAGAACTAAAAAACGTTTCACACCTCCTATTTATCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTAAATTTAAAACAGAAAAGGAGTTTATGCAACATGCCCGGAAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101341 CCTAAATTTAAAACAGAAAAGGAGTTTATGCAACATGCCCGGAAAGCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTGGTTATTCCTCCAGAAAAATCGGACCGTTCCATACATCTGGCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101391 ATTGGTTATTCCTCCAGAAAAATCGGACCGTTCCATACATCTGGCCTGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAG         CTGGTATATTTGATGCCTATGTTCCTCCTGAGGGTGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101441 CAGGTG...CAGCTGGTATATTTGATGCCTATGTTCCTCCTGAGGGTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCACGCATATCATCTCTTTCAAAGGAGGGACTGATAGAGAGAACTGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102206 GCACGCATATCATCTCTTTCAAAGGAGGGACTGATAGAGAGAACTGAACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATGAAGAAGACTATGGCATCACAAGTGTC         AATCCGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102256 AATGAAGAAGACTATGGCATCACAAGTGTCGTA...CAGAATCCGGAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAAAAGACTATGATGCCAACTTTAAAATAAAGGACTTCCCTGAAAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109361 TAAAAGACTATGATGCCAACTTTAAAATAAAGGACTTCCCTGAAAAAGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGGATATCTTTATTGAAGCTCACCTTTGTCTAAATAA         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109411 AAGGATATCTTTATTGAAGCTCACCTTTGTCTAAATAAGTA...TAGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGACCATGACCGACTTCATACCTTGGTAACTGAACACTGTTTTCCA    
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 121507 AGACCATGACCGGCTTCATACCTTGGTAACTGAACACTGTTTTCCAGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511      GACATGACTTGGGACATCAAATATAAGACCGTCCGCTGGAGCTTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121557 ..TAGGACATGACTTGGGACATCAAATATAAGACCGTCCGCTGGAGCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTGGAATCTTTAGAGCCCTCTCATGTTGTTCAAGTTCGCTGTTCAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123480 GTGGAATCTTTAGAGCCCTCTCATGTTGTTCAAGTTCGCTGTTCAAGTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GATGAACCAGGGCAACGTGTACGGCCAGATCACCGTACGCATGCACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123530 GATGAACCAGGGCAACGTGTACGGCCAGATCACCGTACGCATGCACACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGCAG         ACTCTGGCCATCTATGACCGGTTTGGCCGGTTGATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123580 GGCAGGTA...CAGACTCTGGCCATCTATGACCGGTTTGGCCGGTTGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TATGGACAGGAAGATGTACCCAAGGATGTCCTGGAGTATGTTGTATTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124979 TATGGACAGGAAGATGTACCCAAGGATGTCCTGGAGTATGTTGTATTCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAAGCAGTTGACAAACCCCTATGGAAGCTGGAGAATGCATACCAAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125029 AAAGCAGTTGACAAACCCCTATGGAAGCTGGAGAATGCATACCAAGATCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCCCCCATGGGCACCCCCTAAGCAGCCCATCCTTAAG         ACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 125079 TTCCCCCATGGGCACCCCCTAAGCAGCCCATCCTTAAGGTA...CAGACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGATGATCCCTGGCCCTCAGCTGAAACCAGAAGAAGAATATGAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125329 GTGATGATCCCTGGCCCTCAGCTGAAACCAGAAGAAGAATATGAAGAGGC

    950     .    :    .    :    .    :
    888 ACAAGGAGAGGCCCAGAAGCCTCAGCTAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 125379 ACAAGGAGAGGCCCAGAAGCCTCAGCTAGCC