seq1 = pF1KE6287.tfa, 888 bp
seq2 = pF1KE6287/gi568815597r_169365852.tfa (gi568815597r:169365852_169585719), 219868 bp

>pF1KE6287 888
>gi568815597r:169365852_169585719 (Chr1)

(complement)

1-204  (99954-100157)   100% ->
205-427  (115534-115756)   100% ->
428-620  (116884-117076)   100% ->
621-762  (117468-117609)   100% ->
763-888  (119743-119868)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGTGCCCGGCCCGGTGTCTCGGCGGGCGGCGGCGGCGGCGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99954 ATGGATGTGCCCGGCCCGGTGTCTCGGCGGGCGGCGGCGGCGGCGGCCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGCTCCTGCGGACCGCTCGGGTCCGTCGCGAATGCTGGTTCTTGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100004 TGTGCTCCTGCGGACCGCTCGGGTCCGTCGCGAATGCTGGTTCTTGCCGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCGCTGCTCTGCGCCTACGGCTTCTTCGCCAGCCTCAGGCCGTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100054 CCGCGCTGCTCTGCGCCTACGGCTTCTTCGCCAGCCTCAGGCCGTCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCTTCCTGACCCCGTACCTGCTGGGGCCGGACAAGAACCTGACCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100104 CCCTTCCTGACCCCGTACCTGCTGGGGCCGGACAAGAACCTGACCGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAG         GAACCCAAGCCAGACCGTCTCCTTGTATTGAAAGTAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100154 GGAGGTA...TAGGAACCCAAGCCAGACCGTCTCCTTGTATTGAAAGTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TATGGAATGATTTCCTGATGTGCTACTCCTCTCGCCCTCTTCTCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115571 TATGGAATGATTTCCTGATGTGCTACTCCTCTCGCCCTCTTCTCTGCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCTGTGTGGTGGGCCCTCTCTACCTGTGGCTATTTTCAAGTTGTGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115621 TCTGTGTGGTGGGCCCTCTCTACCTGTGGCTATTTTCAAGTTGTGAACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACACAGGGCCTGTGGGAGAAAGTGATGCCTTCTCGCTATGCTGCTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115671 CACACAGGGCCTGTGGGAGAAAGTGATGCCTTCTCGCTATGCTGCTATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATAATGGTGGCGTGGAGGCCGTTTCAACCTTACTGG         GTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115721 ATAATGGTGGCGTGGAGGCCGTTTCAACCTTACTGGGTA...TAGGTGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTTGCTGTGTTTGCAGTTGGTTATATAAAAATATCCTGGTCAACTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116889 GTTGCTGTGTTTGCAGTTGGTTATATAAAAATATCCTGGTCAACTTGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGAAATGACATTATCTCTCTTTTCTCTCCTGATTGCTGCTGCAGTGTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116939 AGAAATGACATTATCTCTCTTTTCTCTCCTGATTGCTGCTGCAGTGTATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCATGGACACTGTGGGTAACATTTGGGTGTGCTATGCATCCTATGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116989 TCATGGACACTGTGGGTAACATTTGGGTGTGCTATGCATCCTATGTTGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTCAGAATCATCTACATGTTACTCATCACGATAGCAAC         TTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117039 TTCAGAATCATCTACATGTTACTCATCACGATAGCAACGTA...AAGTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCAAATTGCTGCAAACCTCAGCATGGAACGCTATGCCCTAGTATTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117471 TCAAATTGCTGCAAACCTCAGCATGGAACGCTATGCCCTAGTATTTGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TAAATACCTTCATTGCCCTGGCACTGCAGACGCTGCTCACTCTAATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117521 TAAATACCTTCATTGCCCTGGCACTGCAGACGCTGCTCACTCTAATTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTAGATGCCAGTGGCCTTGGATTAGAAATTACCACTCAG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 117571 GTAGATGCCAGTGGCCTTGGATTAGAAATTACCACTCAGGTA...TAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTTGATCTATGCCAGTTATTTTGCACTCATCGCTGTGGTTTTCCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119745 TTTGATCTATGCCAGTTATTTTGCACTCATCGCTGTGGTTTTCCTGGCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGGTGCAGTCAGTGTTATGAAGAAATGTAGAAAGCTGGAAGATCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119795 GTGGTGCAGTCAGTGTTATGAAGAAATGTAGAAAGCTGGAAGATCCACAA

    900     .    :    .    :
    865 TCAAGTTCTCAAGTAACCACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||
 119845 TCAAGTTCTCAAGTAACCACTTCA