seq1 = pF1KE6286.tfa, 870 bp
seq2 = pF1KE6286/gi568815597f_231429252.tfa (gi568815597f:231429252_231664902), 235651 bp

>pF1KE6286 870
>gi568815597f:231429252_231664902 (Chr1)

14-121  (100001-100108)   100% ->
122-236  (107962-108076)   100% ->
237-367  (113230-113360)   100% ->
368-495  (131877-132004)   100% ->
496-870  (135277-135651)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 AAGGATCAGGAGGGTTCAGGAAAAGGAAGCATGACAATTTCCCACATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AAGGATCAGGAGGGTTCAGGAAAAGGAAGCATGACAATTTCCCACATAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     64 CAAAGAAGAGAAGGGAAGGATGTTAATTCATCTTCACCCGTGATGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAAGAAGAGAAGGGAAGGATGTTAATTCATCTTCACCCGTGATGTTGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    114 CTTTAAAT         CATTTCAGCAGGAACTTGATGCAAGGCATGACA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTTTAAATGTA...TAGCATTTCAGCAGGAACTTGATGCAAGGCATGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    155 AATATGAGAGACTTGTGAAACTTAGTCGGGATATAACTGTTGAAAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107995 AATATGAGAGACTTGTGAAACTTAGTCGGGATATAACTGTTGAAAGTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    205 AGGACAATTTTTCTCCTCCATAGGATTACAAG         TGCTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108045 AGGACAATTTTTCTCCTCCATAGGATTACAAGGTG...TAGTGCTCCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    246 TATGGAAGATATATTGACTGAATCAGAAATTAAATTGGATGGTGTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113239 TATGGAAGATATATTGACTGAATCAGAAATTAAATTGGATGGTGTCAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    296 AAAAGATATTCCAGGTAGCCCAAGAGCTATCAGGGGAAGATATGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113289 AAAAGATATTCCAGGTAGCCCAAGAGCTATCAGGGGAAGATATGCATCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    346 TTCCATCGAGCCATTACTACAG         GACTACAGGAATATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 113339 TTCCATCGAGCCATTACTACAGGTA...CAGGACTACAGGAATATGTGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    387 AGCTGTCTCTTTTCAACACTTCATCAAAACACGATCATTAATTAGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131896 AGCTGTCTCTTTTCAACACTTCATCAAAACACGATCATTAATTAGTATGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    437 ATGAAATTAATAAACAATTGATATTTACGACTGAAGACAATGGGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131946 ATGAAATTAATAAACAATTGATATTTACGACTGAAGACAATGGGAAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    487 AATAAAACT         CCCTCCTCTGATGCACAGGATAAGCAGTTTGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 131996 AATAAAACTGTG...CAGCCCTCCTCTGATGCACAGGATAAGCAGTTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    528 TACTTGGAGACTGAGAGTCACACCTGTCGATTACCTTCTGGGAGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135309 TACTTGGAGACTGAGAGTCACACCTGTCGATTACCTTCTGGGAGTGGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    578 ACTTAACTGGAGAATTGATGCGGATGTGTATTAACAGTGTGGGGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135359 ACTTAACTGGAGAATTGATGCGGATGTGTATTAACAGTGTGGGGAATGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    628 GACATTGATACCCCCTTTGAAGTGAGCCAGTTTTTACGTCAGGTTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135409 GACATTGATACCCCCTTTGAAGTGAGCCAGTTTTTACGTCAGGTTTATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    678 TGGGTTTTCATTCATTGGCAACACTGGACCTTACGAGGTTTCTAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135459 TGGGTTTTCATTCATTGGCAACACTGGACCTTACGAGGTTTCTAAGAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728 TGTATACCTTGAAACAAAGTTTGGCCAAAGTGGAGAATGCTTGTTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135509 TGTATACCTTGAAACAAAGTTTGGCCAAAGTGGAGAATGCTTGTTATGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    778 TTGAAAGTCAGAGGGTCAGAAATTCCAAAACATATGTTGGCAGATGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135559 TTGAAAGTCAGAGGGTCAGAAATTCCAAAACATATGTTGGCAGATGTGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :
    828 TTCAGTTAAAACAGAAATGATAGATCAAGAAGAGGGCATTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135609 TTCAGTTAAAACAGAAATGATAGATCAAGAAGAGGGCATTTCT