seq1 = pF1KE6285.tfa, 837 bp
seq2 = pF1KE6285/gi568815595f_141776802.tfa (gi568815595f:141776802_142025698), 248897 bp

>pF1KE6285 837
>gi568815595f:141776802_142025698 (Chr3)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-238  (126819-126947)   100% ->
239-346  (130366-130473)   100% ->
347-531  (136851-137035)   100% ->
532-582  (139169-139219)   100% ->
583-669  (145176-145262)   100% ->
670-837  (148730-148897)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGAAGAACGAGAAGAAGTCCCTCAACCAGAGCCTGGCCGAGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGAAGAACGAGAAGAAGTCCCTCAACCAGAGCCTGGCCGAGTGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCTTCATCTACAACCCGACCACCGGAGAATTCCTGGGGCGCACCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCTTCATCTACAACCCGACCACCGGAGAATTCCTGGGGCGCACCGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGCTGGG         GTTTGATCTTGCTCTTCTACCTAGTTTTTTAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGCTGGGGTG...CAGGTTTGATCTTGCTCTTCTACCTAGTTTTTTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGTTCCTGGCTGCACTCTTCTCATTCACGATGTGGGTTATGCTTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126851 GGGTTCCTGGCTGCACTCTTCTCATTCACGATGTGGGTTATGCTTCAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTCAACGATGAGGTTCCAAAATACCGTGACCAGATTCCTAGCCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 126901 TCTCAACGATGAGGTTCCAAAATACCGTGACCAGATTCCTAGCCCAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239       GACTCATGGTTTTTCCAAAACCAGTGACCGCATTGGAATATACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126951 ...TAGGACTCATGGTTTTTCCAAAACCAGTGACCGCATTGGAATATACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCAGTAGGTCTGATCCAACTTCGTATGCAGGGTACATTGAAGACCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130410 TTCAGTAGGTCTGATCCAACTTCGTATGCAGGGTACATTGAAGACCTTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGTTTCTAAAAC         CATATACTTTAGAAGAACAGAAGAACC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 130460 GAAGTTTCTAAAACGTG...TAGCATATACTTTAGAAGAACAGAAGAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCACAGTCTGTCCTGATGGAGCACTTTTTGAACAGAAGGGTCCAGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136878 TCACAGTCTGTCCTGATGGAGCACTTTTTGAACAGAAGGGTCCAGTTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTGCATGTCAGTTTCCTATTTCATTACTTCAAGCATGCAGTGGTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136928 GTTGCATGTCAGTTTCCTATTTCATTACTTCAAGCATGCAGTGGTATGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGATCCTGATTTTGGCTATTCTCAAGGAAACCCTTGTATTCTTGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136978 TGATCCTGATTTTGGCTATTCTCAAGGAAACCCTTGTATTCTTGTGAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAACAGA         ATAATTGGATTAAAGCCTGAAGGAGTGCCAAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 137028 TGAACAGAGTA...TAGATAATTGGATTAAAGCCTGAAGGAGTGCCAAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATAGATTGTGTTTCAAAG         AATGAAGATATACCAAATGTAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 139202 ATAGATTGTGTTTCAAAGGTT...CAGAATGAAGATATACCAAATGTAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGTTTATCCTCATAATGGAATGATAGACTTAAAATATTTCCCATATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145199 AGTTTATCCTCATAATGGAATGATAGACTTAAAATATTTCCCATATTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGAAAAAACTGCAT         GTTGGGTATCTACAGCCATTGGTTGCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 145249 GGAAAAAACTGCATGTA...CAGGTTGGGTATCTACAGCCATTGGTTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTTCAGGTCAGCTTTGCTCCTAACAACACTGGGAAAGAAGTAACAGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148757 GTTCAGGTCAGCTTTGCTCCTAACAACACTGGGAAAGAAGTAACAGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTGCAAGATTGATGGATCAGCCAACCTAAAAAGTCAGGATGATCGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148807 GTGCAAGATTGATGGATCAGCCAACCTAAAAAGTCAGGATGATCGTGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGTTTTTGGGACGAGTTATGTTCAAAATCACAGCACGTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148857 AGTTTTTGGGACGAGTTATGTTCAAAATCACAGCACGTGCA