seq1 = pF1KE6284.tfa, 804 bp
seq2 = pF1KE6284/gi568815581f_67278155.tfa (gi568815581f:67278155_67787184), 509030 bp

>pF1KE6284 804
>gi568815581f:67278155_67787184 (Chr17)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-197  (254648-254796)   100% ->
198-294  (274103-274195)   94% ->
295-366  (300032-300103)   100% ->
367-462  (353989-354084)   100% ->
463-618  (391354-391509)   100% ->
619-682  (397325-397388)   100% ->
683-804  (408912-409033)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTGAAAGAGTACCGGATCTGCATGCCGCTCACCGTAGACGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGCTGCTGAAAGAGTACCGGATCTGCATGCCGCTCACCGTAGACGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        TACAAAATTGGACAGCTGTACATGATCAGCAAACACAGCCATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...TAGTACAAAATTGGACAGCTGTACATGATCAGCAAACACAGCCATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACAGAGTGACCGGGGAGAAGGGGTGGAGGTCGTCCAGAATGAGCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254691 AACAGAGTGACCGGGGAGAAGGGGTGGAGGTCGTCCAGAATGAGCCCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGACCCTCACCATGGCAATGGGCAGTTCACCGAGAAGCGGGTGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254741 GAGGACCCTCACCATGGCAATGGGCAGTTCACCGAGAAGCGGGTGTATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACAG         CAAACTGCCTAGTTGGGCTAGAGCTGTTGTCCCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254791 CAACAGGTG...TAGCAAACTGCCTAGTTGGGCTAGAGCTGTTGTCCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAATATTTTATGTGACAGAGAAGGCTTGGAACTATTATCCCTACACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 274138 AAATATTTTATGTGACAGAGAAGGCTTGGAACTATTATCCCTACACAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACAGAATACACA         TGTTCCTTTCTGCCGAAATTCTCCATTCA
        |||| -||-|-->>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 274188 ACAGG TA A  GTC...CAGTGTTCCTTTCTGCCGAAATTCTCCATTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TATAGAAACCAAGTATGAGGACAACAAAGGAAGCAATGACACC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 300061 TATAGAAACCAAGTATGAGGACAACAAAGGAAGCAATGACACCGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   ATTTTCGACAATGAAGCCAAAGACGTGGAGAGAGAAGTTTGCTTTATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 353987 AGATTTTCGACAATGAAGCCAAAGACGTGGAGAGAGAAGTTTGCTTTATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATATTGCCTGCGATGAAATTCCAGAGCGCTACTACAAAGAATCTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 354037 GATATTGCCTGCGATGAAATTCCAGAGCGCTACTACAAAGAATCTGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        GATCCTAAGCACTTCAAGTCAGAGAAGACAGGACGGGGACAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 354087 A...TAGGATCCTAAGCACTTCAAGTCAGAGAAGACAGGACGGGGACAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGAGGGAAGGCTGGAGAGATAGTCATCAGCCTATCATGTGCTCCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391397 TGAGGGAAGGCTGGAGAGATAGTCATCAGCCTATCATGTGCTCCTACAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGGTGACTGTGAAGTTTGAGGTCTGGGGGCTTCAGACCAGAGTGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 391447 CTGGTGACTGTGAAGTTTGAGGTCTGGGGGCTTCAGACCAGAGTGGAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATTTGTACACAAG         GTGGTCCGAGACATTCTGCTGATTGGAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 391497 ATTTGTACACAAGGTA...TAGGTGGTCCGAGACATTCTGCTGATTGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATAGACAGGCTTTTGCATGGGTTGATGAGTGGTATG         ATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 397353 ATAGACAGGCTTTTGCATGGGTTGATGAGTGGTATGGTA...CAGATATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ACAATGGATGATGTTCGGGAATACGAGAAAAACATGCATGAACAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 408917 ACAATGGATGATGTTCGGGAATACGAGAAAAACATGCATGAACAAACCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CATAAAAGTTTGCAATCAGCATTCCTCCCCTGTGGATGACATAGAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 408967 CATAAAAGTTTGCAATCAGCATTCCTCCCCTGTGGATGACATAGAGAGTC

    850     .    :    .
    788 ATGCCCAAACAAGTACA
        ||||||||||||||  |
 409017 ATGCCCAAACAAGTGTA