seq1 = pF1KE6281.tfa, 756 bp
seq2 = pF1KE6281/gi568815579f_38164893.tfa (gi568815579f:38164893_38392003), 227111 bp

>pF1KE6281 756
>gi568815579f:38164893_38392003 (Chr19)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-277  (118735-118905)   100% ->
278-337  (122984-123043)   100% ->
338-391  (124246-124299)   100% ->
392-553  (125227-125388)   100% ->
554-592  (125645-125683)   100% ->
593-756  (126948-127111)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCAGCTGTGCGGGCTGAGGCGGAGCCGGGCGTTTCTCGCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCAGCTGTGCGGGCTGAGGCGGAGCCGGGCGTTTCTCGCCCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGATCGCTGCTCCTCTCTGGGGTCCTGGCGGCCGACCGAGAACGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGATCGCTGCTCCTCTCTGGGGTCCTGGCGGCCGACCGAGAACGCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCACG         ACTTCTGCCTGGTGTCGAAGGTGGTGGGCAGATGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCACGGTG...CAGACTTCTGCCTGGTGTCGAAGGTGGTGGGCAGATGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGGCCTCCATGCCTAGGTGGTGGTACAATGTCACTGACGGATCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118770 CGGGCCTCCATGCCTAGGTGGTGGTACAATGTCACTGACGGATCCTGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGTTTGTGTATGGGGGCTGTGACGGAAACAGCAATAATTACCTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118820 GCTGTTTGTGTATGGGGGCTGTGACGGAAACAGCAATAATTACCTGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAGGAGTGCCTCAAGAAATGTGCCACTGTCACAG         AGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 118870 AGGAGGAGTGCCTCAAGAAATGTGCCACTGTCACAGGTG...CAGAGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCACGGGTGACCTGGCCACCAGCAGGAATGCAGCGGATTCCTCTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122989 GCCACGGGTGACCTGGCCACCAGCAGGAATGCAGCGGATTCCTCTGTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAGTG         CTCCCAGAAGGCAGGATTCTGAAGACCACTCCAGCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123039 AAGTGGTA...CAGCTCCCAGAAGGCAGGATTCTGAAGACCACTCCAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATATGTTCAACTATGAAG         AATACTGCACCGCCAACGCAGTC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 124282 ATATGTTCAACTATGAAGGTA...TAGAATACTGCACCGCCAACGCAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACTGGGCCTTGCCGTGCATCCTTCCCACGCTGGTACTTTGACGTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125250 ACTGGGCCTTGCCGTGCATCCTTCCCACGCTGGTACTTTGACGTGGAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAACTCCTGCAATAACTTCATCTATGGAGGCTGCCGGGGCAATAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125300 GAACTCCTGCAATAACTTCATCTATGGAGGCTGCCGGGGCAATAAGAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTACCGCTCTGAGGAGGCCTGCATGCTCCGCTGCTTCC         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 125350 GCTACCGCTCTGAGGAGGCCTGCATGCTCCGCTGCTTCCGTA...CAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGCAGGAGAATCCTCCCCTGCCCCTTGGCTCAAAGG         TGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 125647 CAGCAGGAGAATCCTCCCCTGCCCCTTGGCTCAAAGGGTA...CAGTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCTTCTGGCGGGGCTGTTCGTGATGGTGTTGATCCTCTTCCTGGGAGCCT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126952 GGTTCTGGCGGGGCTGTTCGTGATGGTGTTGATCCTCTTCCTGGGAGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCATGGTCTACCTGATCCGGGTGGCACGGAGGAACCAGGAGCGTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127002 CCATGGTCTACCTGATCCGGGTGGCACGGAGGAACCAGGAGCGTGCCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGCACCGTCTGGAGCTCCGGAGATGACAAGGAGCAGCTGGTGAAGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127052 CGCACCGTCTGGAGCTCCGGAGATGACAAGGAGCAGCTGGTGAAGAACAC

    800     .    :
    747 ATATGTCCTG
        ||||||||||
 127102 ATATGTCCTG