seq1 = pF1KE6276.tfa, 660 bp
seq2 = pF1KE6276/gi568815597f_99893555.tfa (gi568815597f:99893555_100111533), 217979 bp

>pF1KE6276 660
>gi568815597f:99893555_100111533 (Chr1)

1-187  (100001-100187)   100% ->
188-342  (105707-105861)   100% ->
343-465  (113480-113602)   99% ->
466-634  (117811-117979)   100% ->
635-660  (128832-128857)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCGCCAACCTAAAATACGTTTCCCTGGGAATTTTGGTCTTTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCGCCAACCTAAAATACGTTTCCCTGGGAATTTTGGTCTTTCAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACCAGTTTGGTTCTAACAATGCGTTATTCCAGAACTTTAAAAGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TACCAGTTTGGTTCTAACAATGCGTTATTCCAGAACTTTAAAAGAAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GACCTCGTTATCTATCTTCTACAGCAGTGGTTGTTGCTGAACTTTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GACCTCGTTATCTATCTTCTACAGCAGTGGTTGTTGCTGAACTTTTGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATAATGGCCTGCATTTTATTGGTCTACAAAGACAGCA         AATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100151 ATAATGGCCTGCATTTTATTGGTCTACAAAGACAGCAGTA...TAGAATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAGTCTAAGAGCACTGAATCGAGTACTACATGATGAAATTCTTAATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105711 TAGTCTAAGAGCACTGAATCGAGTACTACATGATGAAATTCTTAATAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTATGGAAACACTTAAACTTGCTATTCCATCAGGGATCTATACTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105761 CTATGGAAACACTTAAACTTGCTATTCCATCAGGGATCTATACTCTTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATAATTTACTGTATGTGGCACTATCAAATCTAGATGCAGCTACTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105811 AATAATTTACTGTATGTGGCACTATCAAATCTAGATGCAGCTACTTATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 G         GTCACGTATCAGTTGAAAATTCTTACAACAGCATTATTTT
        |>>>...>>>|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 105861 GGTA...CAGGTCACGTATCAGTTAAAAATTCTTACAACAGCATTATTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGTGTCTATGCTTAGTAAAAAATTGGGTGTATACCAGTGGCTGTCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113520 CTGTGTCTATGCTTAGTAAAAAATTGGGTGTATACCAGTGGCTGTCCCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTAATTTTGATGACAGGAGTTGCTTTTGTACAG         TGGCCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 113570 GTAATTTTGATGACAGGAGTTGCTTTTGTACAGGTA...TAGTGGCCCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGATTCTCAGCTTGATTCTAAGGAACTTTCAGCTGGTTCTCAATTTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117819 AGATTCTCAGCTTGATTCTAAGGAACTTTCAGCTGGTTCTCAATTTGTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GACTCATGGCAGTTCTCACAGCATGTTTTTCAAGTGGCTTTGCTGGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117869 GACTCATGGCAGTTCTCACAGCATGTTTTTCAAGTGGCTTTGCTGGGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TACTTTGAGAAAATCTTAAAAGAAACAAAACAATCAGTGTGGATAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117919 TACTTTGAGAAAATCTTAAAAGAAACAAAACAATCAGTGTGGATAAGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    624 TATTCAGCTTG         TGTCTTTTTCCTTGGAGCCATCCTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117969 TATTCAGCTTGGTA...CAGTGTCTTTTTCCTTGGAGCCATCCTTG