seq1 = pF1KE6272.tfa, 546 bp
seq2 = pF1KE6272/gi568815587f_118244424.tfa (gi568815587f:118244424_118452466), 208043 bp

>pF1KE6272 546
>gi568815587f:118244424_118452466 (Chr11)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-79  (104604-104627)   100% ->
80-307  (105320-105547)   100% ->
308-439  (106129-106260)   100% ->
440-483  (107205-107248)   100% ->
484-546  (107981-108043)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACAGGGGAAGGGCCTGGCTGTCCTCATCCTGGCTATCATTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAACAGGGGAAGGGCCTGGCTGTCCTCATCCTGGCTATCATTCTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAAG         GTACTTTGGCCCAGTCAATCAAAG         GAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 TCAAGGTA...CAGGTACTTTGGCCCAGTCAATCAAAGGTA...CAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 ACCACTTGGTTAAGGTGTATGACTATCAAGAAGATGGTTCGGTACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105323 ACCACTTGGTTAAGGTGTATGACTATCAAGAAGATGGTTCGGTACTTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACTTGTGATGCAGAAGCCAAAAATATCACATGGTTTAAAGATGGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105373 ACTTGTGATGCAGAAGCCAAAAATATCACATGGTTTAAAGATGGGAAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GATCGGCTTCCTAACTGAAGATAAAAAAAAATGGAATCTGGGAAGTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105423 GATCGGCTTCCTAACTGAAGATAAAAAAAAATGGAATCTGGGAAGTAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAAGGACCCTCGAGGGATGTATCAGTGTAAAGGATCACAGAACAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105473 CCAAGGACCCTCGAGGGATGTATCAGTGTAAAGGATCACAGAACAAGTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACCACTCCAAGTGTATTACAGAA         TGTGTCAGAACTGCAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105523 AAACCACTCCAAGTGTATTACAGAAGTA...CAGTGTGTCAGAACTGCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAACTAAATGCAGCCACCATATCTGGCTTTCTCTTTGCTGAAATCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106145 TGAACTAAATGCAGCCACCATATCTGGCTTTCTCTTTGCTGAAATCGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCATTTTCGTCCTTGCTGTTGGGGTCTACTTCATTGCTGGACAGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106195 GCATTTTCGTCCTTGCTGTTGGGGTCTACTTCATTGCTGGACAGGATGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTCGCCAGTCGAGAG         CTTCAGACAAGCAGACTCTGTTGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106245 GTTCGCCAGTCGAGAGGTA...CAGCTTCAGACAAGCAGACTCTGTTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAATGACCAGCTCTACCAG         CCCCTCAAGGATCGAGAAGATG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107230 CAATGACCAGCTCTACCAGGTA...CAGCCCCTCAAGGATCGAGAAGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACCAGTACAGCCACCTTCAAGGAAACCAGTTGAGGAGGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108003 ACCAGTACAGCCACCTTCAAGGAAACCAGTTGAGGAGGAAT