seq1 = pF1KE6269.tfa, 765 bp
seq2 = pF1KE6269/gi568815582f_25117204.tfa (gi568815582f:25117204_25328489), 211286 bp

>pF1KE6269 765
>gi568815582f:25117204_25328489 (Chr16)

1-242  (100001-100242)   100% ->
243-369  (104254-104380)   100% ->
370-584  (107159-107373)   100% ->
585-719  (109865-109999)   100% ->
720-765  (111241-111286)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTGAGCCTGAATTTGGCAATGACAAGGCCAGGGAGCCGAGCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTGAGCCTGAATTTGGCAATGACAAGGCCAGGGAGCCGAGCGTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCAGGTGGCGAGTGTCCTGGTACGAACGGTTTGTGCAGCCATGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCAGGTGGCGAGTGTCCTGGTACGAACGGTTTGTGCAGCCATGTCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGAACTGCTGGGCTCTGCTCTCTTCATCTTCATCGGGTGCCTGTCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGAACTGCTGGGCTCTGCTCTCTTCATCTTCATCGGGTGCCTGTCGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGAGAATGGGACGGACACTGGGCTGCTGCAGCCGGCCCTGGCCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGAGAATGGGACGGACACTGGGCTGCTGCAGCCGGCCCTGGCCCACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGGCTTTGGGGCTCGTGATTGCCACGCTGGGGAATATCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100201 GCTGGCTTTGGGGCTCGTGATTGCCACGCTGGGGAATATCAGGTG...CA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    243  TGGTGGACACTTCAACCCTGCGGTGTCCCTGGCAGCCATGCTGATCGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104253 GTGGTGGACACTTCAACCCTGCGGTGTCCCTGGCAGCCATGCTGATCGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCCTCAACCTGGTGATGCTCCTCCCGTACTGGGTCTCACAGCTGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104303 GGCCTCAACCTGGTGATGCTCCTCCCGTACTGGGTCTCACAGCTGCTCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGGATGCTCGGGGCTGCCTTGGCCAAG         GCGGTGAGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104353 GGGGATGCTCGGGGCTGCCTTGGCCAAGGTG...CAGGCGGTGAGTCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGAGAGGTTCTGGAATGCATCTGGGGCGGCCTTTGTGACAGTCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107172 AGGAGAGGTTCTGGAATGCATCTGGGGCGGCCTTTGTGACAGTCCAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGGGCAGGTGGCAGGGGCGTTGGTGGCAGAGATCATCCTGACGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107222 CAGGGGCAGGTGGCAGGGGCGTTGGTGGCAGAGATCATCCTGACGACGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGGCCCTGGCTGTATGCATGGGTGCCATCAATGAGAAGACAAAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107272 GCTGGCCCTGGCTGTATGCATGGGTGCCATCAATGAGAAGACAAAGGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTCTGGCCCCGTTCTCCATCGGCTTTGCCGTCACCGTGGATATCCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107322 CTCTGGCCCCGTTCTCCATCGGCTTTGCCGTCACCGTGGATATCCTGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GG         GGGCCCTGTGTCTGGAGGCTGCATGAATCCCGCCCGTGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107372 GGGTG...CAGGGGCCCTGTGTCTGGAGGCTGCATGAATCCCGCCCGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTTTGGACCTGCGGTGGTGGCCAACCACTGGAACTTCCACTGGATCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109904 TTTTGGACCTGCGGTGGTGGCCAACCACTGGAACTTCCACTGGATCTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGCTGGGCCCACTCCTGGCTGGCCTGCTTGTTGGACTGCTCATTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109954 GGCTGGGCCCACTCCTGGCTGGCCTGCTTGTTGGACTGCTCATTAGGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720      GTGCTTCATTGGAGATGGGAAGACCCGCCTCATCCTGAAGGCTCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110004 ..CAGGTGCTTCATTGGAGATGGGAAGACCCGCCTCATCCTGAAGGCTCG

    800 
    765 G
        |
 111286 G