seq1 = pF1KE6268.tfa, 807 bp
seq2 = pF1KE6268/gi568815597f_15357084.tfa (gi568815597f:15357084_15567540), 210457 bp

>pF1KE6268 807
>gi568815597f:15357084_15567540 (Chr1)

1-40  (99671-99710)   97% ->
41-129  (100003-100091)   100% ->
130-227  (104478-104575)   100% ->
228-356  (105650-105778)   100% ->
357-493  (106303-106439)   100% ->
494-639  (108916-109061)   99% ->
640-802  (110303-110462)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATAAGGACGCTGCCGCTGTCCACTTTGGTGGCTGGAG         C
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
  99671 ATGATAAGGACGCTGCTGCTGTCCACTTTGGTGGCTGGAGGTA...CAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCTCAGTTGTGGGGACCCCACTTACCCACCTTATGTGACTAGGGTGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100004 CCTCAGTTGTGGGGACCCCACTTACCCACCTTATGTGACTAGGGTGGTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGGTGAAGAAGCGAGGCCCAACAGCTGGCCCTGGCAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100054 GCGGTGAAGAAGCGAGGCCCAACAGCTGGCCCTGGCAGGTG...CAGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TCCCTGCAGTACAGCTCCAATGGCAAGTGGTACCACACCTGCGGAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104481 TCCCTGCAGTACAGCTCCAATGGCAAGTGGTACCACACCTGCGGAGGGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTGATAGCCAACAGCTGGGTCCTGACGGCTGCCCACTGCATCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104531 CCTGATAGCCAACAGCTGGGTCCTGACGGCTGCCCACTGCATCAGGTA..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    228     CTCCTCCAGGACCTACCGCGTGGGGCTGGGCCGGCACAACCTCTAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104581 .CAGCTCCTCCAGGACCTACCGCGTGGGGCTGGGCCGGCACAACCTCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTTGCGGAGTCCGGCTCGCTGGCAGTCAGTGTCTCTAAGATTGTGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105696 GTTGCGGAGTCCGGCTCGCTGGCAGTCAGTGTCTCTAAGATTGTGGTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAGGACTGGAACTCCAACCAAATCTCCAAAGG         GAACGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105746 CAAGGACTGGAACTCCAACCAAATCTCCAAAGGGTT...CAGGAACGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTGCCCTGCTCAAACTGGCTAACCCCGTCTCCCTCACCGACAAGATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106311 TTGCCCTGCTCAAACTGGCTAACCCCGTCTCCCTCACCGACAAGATCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGGCCTGCCTCCCTCCTGCCGGCACCATTCTACCCAACAACTACCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106361 CTGGCCTGCCTCCCTCCTGCCGGCACCATTCTACCCAACAACTACCCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTACGTCACGGGCTGGGGAAGGCTGCAGA         CCAACGGGGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||| |
 106411 CTACGTCACGGGCTGGGGAAGGCTGCAGAGTA...CAGCCAACGGGGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTCCTGATGTCCTGCAGCAGGGCCGGTTGCTGGTTGTGGACTATGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108928 TTCCTGATGTCCTGCAGCAGGGCCGGTTGCTGGTTGTGGACTATGCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGCTCCAGCTCTGCCTGGTGGGGCAGCAGCGTGAAAACCAGTATGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108978 TGCTCCAGCTCTGCCTGGTGGGGCAGCAGCGTGAAAACCAGTATGATCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCTGGGGGTGATGGCGTGATCTCCAGCTGCAAC         GGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109028 TGCTGGGGGTGATGGCGTGATCTCCAGCTGCAACGTG...CAGGGAGACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGGCGGGCCACTGAACTGTCAGGCATCTGACGGCCGGTGGCAGGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 110310 CTGGCGGGCCACTGAACTGTCAGGCGTCTGACGGCCGGTGGCAGGTGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCATCGTCAGCTTCGGGTCTCGCCTCGGCTGCAACTACTACCACAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110360 GGCATCGTCAGCTTCGGGTCTCGCCTCGGCTGCAACTACTACCACAAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTCCGTCTTCACGCGGGTCTCCAATTACATCGACTGGATCAATTCGGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 110410 CTCCGTCTTCACGCGGGTCTCCAATTACATCGACTGGATCAATTCGGTAA

    850     .
    797 TTGCAA
        --|-||
 110460   G AA