seq1 = pF1KE6265.tfa, 792 bp
seq2 = pF1KE6265/gi568815582r_67829937.tfa (gi568815582r:67829937_68031852), 201916 bp

>pF1KE6265 792
>gi568815582r:67829937_68031852 (Chr16)

(complement)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-156  (100652-100755)   100% ->
157-236  (100854-100933)   100% ->
237-318  (101046-101127)   100% ->
319-499  (101265-101445)   100% ->
500-633  (101535-101668)   100% ->
634-792  (101758-101916)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGCTGCTCAGCCTGACCCTAAGCCTGGTTCTCCTCGGCTCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGCTGCTCAGCCTGACCCTAAGCCTGGTTCTCCTCGGCTCCTCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GG         GCTGCGGCATTCCTGCCATCAAACCGGCACTGAGCTTCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTG...CAGGCTGCGGCATTCCTGCCATCAAACCGGCACTGAGCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCAGAGGATTGTCAACGGGGAGAATGCAGTGTTGGGCTCCTGGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100691 GCCAGAGGATTGTCAACGGGGAGAATGCAGTGTTGGGCTCCTGGCCCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGTGTCCCTGCAG         GACAGCAGCGGCTTCCACTTCTGCGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100741 CAGGTGTCCCTGCAGGTA...CAGGACAGCAGCGGCTTCCACTTCTGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGTTCTCTCATCAGCCAGTCCTGGGTGGTCACTGCTGCCCACTGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100880 TGGTTCTCTCATCAGCCAGTCCTGGGTGGTCACTGCTGCCCACTGCAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAG         CCCTGGCCGCCATTTTGTTGTCCTGGGCGAGTATGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100930 TCAGGTG...CAGCCCTGGCCGCCATTTTGTTGTCCTGGGCGAGTATGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGATCATCAAACGCAGAGCCCTTGCAGGTTCTGTCCGTCTCTCGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101083 CGATCATCAAACGCAGAGCCCTTGCAGGTTCTGTCCGTCTCTCGGGTG..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    319     GCCATTACACACCCTAGCTGGAACTCTACCACCATGAACAATGACG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101133 .CAGGCCATTACACACCCTAGCTGGAACTCTACCACCATGAACAATGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGACGCTGCTGAAGCTCGCCTCGCCAGCCCAGTACACAACACGCATCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101311 TGACGCTGCTGAAGCTCGCCTCGCCAGCCCAGTACACAACACGCATCTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCAGTTTGCCTGGCATCCTCAAACGAGGCTCTGACTGAAGGCCTCACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101361 CCAGTTTGCCTGGCATCCTCAAACGAGGCTCTGACTGAAGGCCTCACGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTCACCACCGGCTGGGGTCGCCTCAGTGGCGTGG         GCAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101411 TGTCACCACCGGCTGGGGTCGCCTCAGTGGCGTGGGTA...CAGGCAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGACACCAGCACATCTGCAGCAGGTGGCTTTGCCCCTGGTCACTGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101541 TGACACCAGCACATCTGCAGCAGGTGGCTTTGCCCCTGGTCACTGTGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGTGCCGGCAGTACTGGGGCTCAAGTATCACTGACTCCATGATCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101591 CAGTGCCGGCAGTACTGGGGCTCAAGTATCACTGACTCCATGATCTGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGGTGGCGCAGGTGCCTCCTCGTGCCAG         GGTGACTCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101641 AGGTGGCGCAGGTGCCTCCTCGTGCCAGGTA...CAGGGTGACTCCGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCCCTCTTGTCTGCCAGAAGGGAAACACATGGGTGCTTATTGGTATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101771 GCCCTCTTGTCTGCCAGAAGGGAAACACATGGGTGCTTATTGGTATTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCCTGGGGCACCAAAAACTGCAATGTGCGCGCACCTGCTGTGTATACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101821 TCCTGGGGCACCAAAAACTGCAATGTGCGCGCACCTGCTGTGTATACTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    747 AGTTAGCAAGTTCAGCACCTGGATCAACCAGGTCATAGCCTACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101871 AGTTAGCAAGTTCAGCACCTGGATCAACCAGGTCATAGCCTACAAC