seq1 = pF1KE6263.tfa, 564 bp
seq2 = pF1KE6263/gi568815592f_31555967.tfa (gi568815592f:31555967_31757723), 201757 bp

>pF1KE6263 564
>gi568815592f:31555967_31757723 (Chr6)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-269  (100506-100660)   100% ->
270-343  (101259-101332)   100% ->
344-442  (101414-101512)   100% ->
443-541  (101659-101757)   100% ->
542-564  (102098-102120)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCACCAAATTTGGGCAGCTCTGCTCTACTTCTATGGTATTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCACCAAATTTGGGCAGCTCTGCTCTACTTCTATGGTATTATCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAACTCCATCTACCAGTGCCCTGAGCACAGTCAACTGACAACTCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAACTCCATCTACCAGTGCCCTGAGCACAGTCAACTGACAACTCTGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGATGGGAAGGAG         TTCCCAGAGGTCCACTTGGGCCAGTGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGATGGGAAGGAGGTA...CAGTTCCCAGAGGTCCACTTGGGCCAGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACTTTATCGCAGGGGCAGCTCCCACCAAGGAGGAGTTGGCAACTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100533 TACTTTATCGCAGGGGCAGCTCCCACCAAGGAGGAGTTGGCAACTTTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCTGTGGACAACATTGTCTTCAATATGGCTGCTGGCTCTGCCCCGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100583 CCCTGTGGACAACATTGTCTTCAATATGGCTGCTGGCTCTGCCCCGATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCTCCACCTTCGTGCTACCATCCGCAT         GAAAGATGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100633 AGCTCCACCTTCGTGCTACCATCCGCATGTG...CAGGAAAGATGGGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGTGTGCCCCGGAAATGGATCTACCACCTGACTGAAGGGAGCACAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101272 TGTGTGCCCCGGAAATGGATCTACCACCTGACTGAAGGGAGCACAGATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGAACTGAAG         GCCGCCCTGACATGAAGACTGAGCTCTTTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101322 CAGAACTGAAGGTT...CAGGCCGCCCTGACATGAAGACTGAGCTCTTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAGCTCATGCCCAGGTGGAATCATGCTGAATGAGACAGGCCAGGGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101444 CCAGCTCATGCCCAGGTGGAATCATGCTGAATGAGACAGGCCAGGGTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGCGCTTTCTCCTCTACA         ATCGCTCACCACATCCTCCCGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101494 CAGCGCTTTCTCCTCTACAGTG...CAGATCGCTCACCACATCCTCCCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAAGTGTGTGGAGGAATTCAAGTCCCTGACTTCCTGCCTGGACTCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101681 AAAGTGTGTGGAGGAATTCAAGTCCCTGACTTCCTGCCTGGACTCCAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTTCTTATTGACTCCTAGGAATCAAG         AGGCCTGTGAGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101731 CCTTCTTATTGACTCCTAGGAATCAAGGTA...CAGAGGCCTGTGAGCTG

    600     .
    556 TCCAATAAC
        |||||||||
 102112 TCCAATAAC