seq1 = pF1KE6254.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KE6254/gi568815596f_240591914.tfa (gi568815596f:240591914_240798353), 206440 bp

>pF1KE6254 885
>gi568815596f:240591914_240798353 (Chr2)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-571  (100161-100608)   100% ->
572-688  (102520-102636)   100% ->
689-885  (106244-106440)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGTCTTAACGTGTCCCTCTCCTTCTTCTTTGCCACCTTCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGTCTTAACGTGTCCCTCTCCTTCTTCTTTGCCACCTTCGCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTGAGGCGGCCAGGCGGGCCTCCAAGGCCCTGCTCCCAGTGGGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGTGAGGCGGCCAGGCGGGCCTCCAAGGCCCTGCTCCCAGTGGGCGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGAAGTCTTCGCCCGGGAGGCG         ATGAGGACGCTGGTCGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 ATGAAGTCTTCGCCCGGGAGGCGGTG...GAGATGAGGACGCTGGTCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCGGGCCCTGGGCTGGGGACTTTGGGCCTGACCTGCTGCTCACCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100179 CTCGGGCCCTGGGCTGGGGACTTTGGGCCTGACCTGCTGCTCACCCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCCTGCTCTTCCTGGCGCACGGGGTCACCTTGGACGGGGCCTCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100229 CTTCCTGCTCTTCCTGGCGCACGGGGTCACCTTGGACGGGGCCTCGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCCCACTGTGTCCCTGCAGGAGTTCCTCATGGCCGAGCAGTCTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100279 ACCCCACTGTGTCCCTGCAGGAGTTCCTCATGGCCGAGCAGTCTCTGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCACGCTGTTGAAGCTGGCGGCACAGGGGCTGGGCATGCAGGCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100329 GGCACGCTGTTGAAGCTGGCGGCACAGGGGCTGGGCATGCAGGCCGCCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACCCTGATGCGCCTCTGCTGGGCCTGGGAGCTCAGTGACCTGCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100379 CACCCTGATGCGCCTCTGCTGGGCCTGGGAGCTCAGTGACCTGCACCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCAGAGCCTCATGGCCCAGAGCTGCAGCTCGGCCCTGCGCACATCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100429 TGCAGAGCCTCATGGCCCAGAGCTGCAGCTCGGCCCTGCGCACATCCGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCCACGGGGCGCTTGTGGAGGCCGCCTGCGCCTTTTGTTTCCATCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100479 CCCCACGGGGCGCTTGTGGAGGCCGCCTGCGCCTTTTGTTTCCATCTGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTCCTGCACCTGCGGCACAGTCCTCCCGCCTACAGCGGGCCCGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100529 CCTCCTGCACCTGCGGCACAGTCCTCCCGCCTACAGCGGGCCCGCTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTCTGTTGGTCACCGTCACGGCCTACACGG         CCGGGCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100579 CTCTGTTGGTCACCGTCACGGCCTACACGGGTG...CAGCCGGGCCCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACGTCTGCCTTCTTCAACCCTGCCCTGGCCGCCTCTGTGACCTTTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102531 ACGTCTGCCTTCTTCAACCCTGCCCTGGCCGCCTCTGTGACCTTTGCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTCGGGACACACCTTACTGGAGTACGTGCAGGTGTACTGGCTGGGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102581 CTCGGGACACACCTTACTGGAGTACGTGCAGGTGTACTGGCTGGGCCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGACAG         GGATGGTCCTGGCTGTGCTGCTGCACCAGGGCCGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102631 TGACAGGTA...CAGGGATGGTCCTGGCTGTGCTGCTGCACCAGGGCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTTCCCCACCTTTTCCAGAGGAACCTGTTCTACGGCCAGAAGAACAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106279 CTTCCCCACCTTTTCCAGAGGAACCTGTTCTACGGCCAGAAGAACAAGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCGAGCACCCCGAGGGAAGCCGGCCCCGGCCTCAGGGGACACCCAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106329 CCGAGCACCCCGAGGGAAGCCGGCCCCGGCCTCAGGGGACACCCAGACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CTGCAAAGGGGTCCAGTGTCCGGGAGCCTGGGCGCAGTGGTGTTGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106379 CTGCAAAGGGGTCCAGTGTCCGGGAGCCTGGGCGCAGTGGTGTTGAGGGG

    900     .    :
    874 CCACATTCCAGC
        ||||||||||||
 106429 CCACATTCCAGC