seq1 = pF1KE6253.tfa, 642 bp
seq2 = pF1KE6253/gi568815587f_59961161.tfa (gi568815587f:59961161_60169676), 208516 bp

>pF1KE6253 642
>gi568815587f:59961161_60169676 (Chr11)

1-156  (100001-100156)   100% ->
157-294  (101308-101445)   100% ->
295-351  (103102-103158)   100% ->
352-513  (105791-105952)   100% ->
514-615  (108414-108515)   100% ->
616-642  (109044-109070)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCCCACGAAGTTGATAATGCAGAGCTGGGGTCAGCCTCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCCCACGAAGTTGATAATGCAGAGCTGGGGTCAGCCTCTGCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGTACCCCAGGCAGTGAGGCGGGACCAGAAGAGCTGAATACTTCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGTACCCCAGGCAGTGAGGCGGGACCAGAAGAGCTGAATACTTCTGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCAGCCCATAGATGGATCACCAGATTATCAGAAAGCAAAATTACAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCAGCCCATAGATGGATCACCAGATTATCAGAAAGCAAAATTACAAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTTGGG         GCCATCCAGATCCTGAATGCAGCAATGATTCTGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTTGGGGTA...CAGGCCATCCAGATCCTGAATGCAGCAATGATTCTGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTTGGGTGTCTTTCTGGGTTCCTTGCAATACCCATACCACTTCCAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101343 TTTGGGTGTCTTTCTGGGTTCCTTGCAATACCCATACCACTTCCAAAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTCTTTTTCTTCACCTTCTACACAGGCTACCCGATTTGGGGTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101393 ACTTCTTTTTCTTCACCTTCTACACAGGCTACCCGATTTGGGGTGCTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTT         TTCTGTAGTTCAGGAACCTTGTCTGTTGTAGCAGGGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101443 TTTGTG...CAGTTCTGTAGTTCAGGAACCTTGTCTGTTGTAGCAGGGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAACCCACAAGAACATGG         ATACAGAACAGTTTTGGAATGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103140 AAAACCCACAAGAACATGGGTA...TAGATACAGAACAGTTTTGGAATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACATTGCCAGTGCTACAATTGCACTAGTGGGGACTGCTTTTCTCTCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105813 ACATTGCCAGTGCTACAATTGCACTAGTGGGGACTGCTTTTCTCTCACTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATATAGCAGTTAATATCCAGTCATTAAGGAGTTGTCACTCTTCATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105863 AATATAGCAGTTAATATCCAGTCATTAAGGAGTTGTCACTCTTCATCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTCACCGGACCTATGCAATTACATGGGCTCCATATCAAAT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105913 GTCACCGGACCTATGCAATTACATGGGCTCCATATCAAATGTA...TAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCATGGTGTCTCTACTGCTGATTCTCACCTTGCTGGAATTATGCGTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108415 GCATGGTGTCTCTACTGCTGATTCTCACCTTGCTGGAATTATGCGTAACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCTCTACCATAGCCATGTGGTGCAATGCAAACTGCTGTAATTCAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108465 ATCTCTACCATAGCCATGTGGTGCAATGCAAACTGCTGTAATTCAAGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .
    615 G         GAAATTTCCTCACCTCCCAATTCTGTG
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108515 GGTG...TAGGAAATTTCCTCACCTCCCAATTCTGTG