seq1 = pF1KE6251.tfa, 792 bp
seq2 = pF1KE6251/gi568815593f_54924323.tfa (gi568815593f:54924323_55133923), 209601 bp

>pF1KE6251 792
>gi568815593f:54924323_55133923 (Chr5)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-212  (100338-100485)   100% ->
213-363  (106112-106262)   100% ->
364-633  (107042-107311)   100% ->
634-792  (109443-109601)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTAAGTTTTCTTCCTTTTCTCTGTTTTTCCTAATAGTTGGGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTAAGTTTTCTTCCTTTTCTCTGTTTTTCCTAATAGTTGGGGCTTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATGACTCATGTGT         GTTTCAATATGGAAATTATTGGAGGGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATGACTCATGTGTGTA...TAGGTTTCAATATGGAAATTATTGGAGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAAGTGTCACCTCATTCCAGGCCATTTATGGCCTCCATCCAGTATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100365 AAGAAGTGTCACCTCATTCCAGGCCATTTATGGCCTCCATCCAGTATGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGACATCACGTTTGTGGAGGTGTTCTGATTGATCCACAGTGGGTGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100415 GGACATCACGTTTGTGGAGGTGTTCTGATTGATCCACAGTGGGTGCTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCAGCCCACTGCCAATATCG         GTTTACCAAAGGCCAGTCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100465 AGCAGCCCACTGCCAATATCGGTG...TAGGTTTACCAAAGGCCAGTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCACTGTGGTTTTAGGCGCACACTCTCTCTCAAAGAATGAGGCCTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106132 CCACTGTGGTTTTAGGCGCACACTCTCTCTCAAAGAATGAGGCCTCCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAACACTGGAGATCAAAAAATTTATACCATTCTCAAGAGTTACATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106182 CAAACACTGGAGATCAAAAAATTTATACCATTCTCAAGAGTTACATCAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCTCAATCAAATGATATCATGCTGGTTAAG         CTTCAAACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106232 TCCTCAATCAAATGATATCATGCTGGTTAAGGTA...CAGCTTCAAACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCGCAAAACTCAATAAACATGTCAAGATGCTCCACATAAGATCCAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107052 CCGCAAAACTCAATAAACATGTCAAGATGCTCCACATAAGATCCAAAACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCTCTTAGATCTGGAACCAAATGCAAGGTTACTGGCTGGGGAGCCACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107102 TCTCTTAGATCTGGAACCAAATGCAAGGTTACTGGCTGGGGAGCCACCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCCAGATTCATTAAGACCTTCTGACACCCTGCGAGAAGTCACTGTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107152 TCCAGATTCATTAAGACCTTCTGACACCCTGCGAGAAGTCACTGTTACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCTAAGTCGAAAACTTTGCAACAGCCAAAGTTACTACAACGGCGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107202 TCCTAAGTCGAAAACTTTGCAACAGCCAAAGTTACTACAACGGCGACCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTTATCACCAAAGACATGGTCTGTGCAGGAGATGCCAAAGGCCAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107252 TTTATCACCAAAGACATGGTCTGTGCAGGAGATGCCAAAGGCCAGAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTCCTGTAAG         GGTGACTCAGGGGGCCCCTTGATCTGTAAAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 107302 TTCCTGTAAGGTA...CAGGGTGACTCAGGGGGCCCCTTGATCTGTAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGTCTTCCACGCTATAGTCTCTGGAGGTCATGAATGTGGTGTTGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109474 GTGTCTTCCACGCTATAGTCTCTGGAGGTCATGAATGTGGTGTTGCCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGCCTGGAATCTACACCCTGTTAACCAAGAAATACCAGACTTGGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109524 AAGCCTGGAATCTACACCCTGTTAACCAAGAAATACCAGACTTGGATCAA

    800     .    :    .    :    .
    765 AAGCAACCTTGTCCCGCCTCATACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 109574 AAGCAACCTTGTCCCGCCTCATACAAAT