seq1 = pF1KE6250.tfa, 774 bp
seq2 = pF1KE6250/gi568815597r_161205879.tfa (gi568815597r:161205879_161409935), 204057 bp

>pF1KE6250 774
>gi568815597r:161205879_161409935 (Chr1)

(complement)

1-97  (100001-100097)   100% ->
98-264  (102512-102678)   100% ->
265-478  (103015-103228)   100% ->
479-614  (103472-103607)   100% ->
615-675  (103768-103828)   100% ->
676-774  (103959-104057)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCCGGGCCCCTGCCCCTGCCCCAGCTATGGCTCCTGGGGCTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCCGGGCCCCTGCCCCTGCCCCAGCTATGGCTCCTGGGGCTCCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCCAGCCCCAGCCCTATCCTGGCTGTGCTGCTCTTCTCTTCTTTGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100051 ATCCAGCCCCAGCCCTATCCTGGCTGTGCTGCTCTTCTCTTCTTTGGGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     98       TGCTGTCCCCGGCCCAGGCCATCGTGGTTTACACCGACAGGGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ...CAGTGCTGTCCCCGGCCCAGGCCATCGTGGTTTACACCGACAGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCATGGTGCTGTGGGCTCCCGGGTGACCCTGCACTGCTCCTTCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102556 GTCCATGGTGCTGTGGGCTCCCGGGTGACCCTGCACTGCTCCTTCTGGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGTGAGTGGGTCTCAGATGACATCTCCTTCACCTGGCGCTACCAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102606 CAGTGAGTGGGTCTCAGATGACATCTCCTTCACCTGGCGCTACCAGCCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGGGGGCAGAGATGCCATTTCG         ATCTTCCACTATGCCAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102656 AAGGGGGCAGAGATGCCATTTCGGTG...TAGATCTTCCACTATGCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGACAACCCTACATTGACGAGGTGGGGACCTTCAAAGAGCGCATCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103033 GGACAACCCTACATTGACGAGGTGGGGACCTTCAAAGAGCGCATCCAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTAGGGGACCCTCGCTGGAAGGATGGCTCCATTGTCATACACAACCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103083 GGTAGGGGACCCTCGCTGGAAGGATGGCTCCATTGTCATACACAACCTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTACAGTGACAATGGCACGTTCACTTGTGACGTCAAAAACCCTCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103133 ACTACAGTGACAATGGCACGTTCACTTGTGACGTCAAAAACCCTCCAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATAGTGGGCAAGACCTCTCAGGTCACGCTGTATGTCTTTGAAAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103183 ATAGTGGGCAAGACCTCTCAGGTCACGCTGTATGTCTTTGAAAAAGGTG.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479      TGCCAACTAGGTACGGGGTCGTTCTGGGAGCTGTGATCGGGGGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103233 ..TAGTGCCAACTAGGTACGGGGTCGTTCTGGGAGCTGTGATCGGGGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCTCGGGGTGGTGCTGTTGCTGCTGCTGCTTTTCTACGTGGTTCGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103517 TCCTCGGGGTGGTGCTGTTGCTGCTGCTGCTTTTCTACGTGGTTCGGTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGCTGGCTACGCAGGCAGGCGGCCCTGCAGAGGAGGCTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103567 TGCTGGCTACGCAGGCAGGCGGCCCTGCAGAGGAGGCTCAGGTA...CAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGCTATGGAGAAGGGGAAATTGCACAAGCCAGGAAAGGACGCGTCGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103768 TGCTATGGAGAAGGGGAAATTGCACAAGCCAGGAAAGGACGCGTCGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCGGGCGGCAG         ACGCCAGTGCTGTATGCAATGCTGGACCAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103818 GCGGGCGGCAGGTT...CAGACGCCAGTGCTGTATGCAATGCTGGACCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCAGAAGCACCAAAGCTGTCAGTGAGAAGAAGGCCAAGGGGCTGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103989 AGCAGAAGCACCAAAGCTGTCAGTGAGAAGAAGGCCAAGGGGCTGGGGGA

    800     .    :    .
    756 GTCTCGCAAGGATAAGAAA
        |||||||||||||||||||
 104039 GTCTCGCAAGGATAAGAAA