seq1 = pF1KE6245.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KE6245/gi568815596f_72787433.tfa (gi568815596f:72787433_72991534), 204102 bp

>pF1KE6245 783
>gi568815596f:72787433_72991534 (Chr2)

1-304  (100001-100304)   100% ->
305-595  (100882-101172)   99% ->
596-783  (103915-104102)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGCGGGCTGGGGCGTGCTGTGTGCTTGCTGACCGGGGCCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGCGGGCTGGGGCGTGCTGTGTGCTTGCTGACCGGGGCCTCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCTTCGGCCGGACGCTGGCCCCGCTCCTGGCCTCGCTGCTGTCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCTTCGGCCGGACGCTGGCCCCGCTCCTGGCCTCGCTGCTGTCGCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCCGTGCTTGTCCTTAGCGCCCGCAACGACGAGGCACTGCGCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCCGTGCTTGTCCTTAGCGCCCGCAACGACGAGGCACTGCGCCAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGCCGAGCTGGGCGCCGAGCGGTCTGGCCTGCGCGTGGTGCGGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGCCGAGCTGGGCGCCGAGCGGTCTGGCCTGCGCGTGGTGCGGGTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCCGACCTGGGCGCCGAGGCCGGCTTGCAGCAGCTGCTCGGCGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCCGACCTGGGCGCCGAGGCCGGCTTGCAGCAGCTGCTCGGCGCCCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGAGCTCCCCCGGCCCAAGGGGCTGCAGCGACTGCTGCTTATCAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGAGCTCCCCCGGCCCAAGGGGCTGCAGCGACTGCTGCTTATCAACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCGG         GCTCTCTTGGGGATGTGTCCAAAGGCTTCGTGGACCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCGGGTA...CAGGCTCTCTTGGGGATGTGTCCAAAGGCTTCGTGGACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAGTGACTCCACTCAAGTGAACAACTACTGGGCACTGAACTTGACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100919 GAGTGACTCCACTCAAGTGAACAACTACTGGGCACTGAACTTGACCTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCTCTGCCTGACTTCCAGCGTCCTGAAGGCCTTCCCGGACAGTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100969 TGCTCTGCCTGACTTCCAGCGTCCTGAAGGCCTTCCCGGACAGTCCTGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTCAACAGAACCGTGGTTAACATCTCGTCCCTCTGTGCCCTGCAACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101019 CTCAACAGAACCGTGGTTAACATCTCGTCCCTCTGTGCCCTGCAACCTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAAAGGCTGGGCGCTGTACTGTGCAGGAAAGGCTGCTCGTGATATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101069 CAAAGGCTGGGCGCTGTACTGTGCAGGAAAGGCTGCTCGTGATATGCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCAGGTCCTGGCGCTGGAGGAACCTAATGTGAGGGTGTTGAACTATGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 101119 TCCAGGTCCTGGCGCTGGAGGAACCTAATGTGAGGGTGCTGAACTATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCAG         GTCCTCTGGACACAGACATGCAGCAGTTGGCCCGGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101169 CCAGGTA...TAGGTCCTCTGGACACAGACATGCAGCAGTTGGCCCGGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GACCTCCGTGGACCCAGACATGCGAAAAGGGCTGCAGGAGCTGAAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103952 GACCTCCGTGGACCCAGACATGCGAAAAGGGCTGCAGGAGCTGAAGGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGGGGAAGCTGGTGGATTGCAAGGTGTCAGCCCAGAAACTGCTGAGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104002 AGGGGAAGCTGGTGGATTGCAAGGTGTCAGCCCAGAAACTGCTGAGCTTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTGGAAAAGGACGAGTTCAAGTCTGGAGCCCACGTGGACTTCTATGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104052 CTGGAAAAGGACGAGTTCAAGTCTGGAGCCCACGTGGACTTCTATGACAA

    800 
    783 A
        |
 104102 A