seq1 = pF1KE6243.tfa, 903 bp
seq2 = pF1KE6243/gi568815595r_48757713.tfa (gi568815595r:48757713_48998794), 241082 bp

>pF1KE6243 903
>gi568815595r:48757713_48998794 (Chr3)

(complement)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-198  (106723-106815)   100% ->
199-326  (114671-114798)   100% ->
327-417  (119347-119437)   100% ->
418-535  (136136-136253)   100% ->
536-608  (139168-139240)   100% ->
609-718  (139594-139703)   100% ->
719-843  (140164-140288)   100% ->
844-903  (141023-141082)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGACCAGCCAAAACCCATCAGCCCGCTCAAGAACCTGCTGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGACCAGCCAAAACCCATCAGCCCGCTCAAGAACCTGCTGGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCTTTGGCGGCGTGTGCCTGGTGTTCGTCGGTCACCCTCTGGACACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCTTTGGCGGCGTGTGCCTGGTGTTCGTCGGTCACCCTCTGGACACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAAG         GTCCGACTGCAGACACAGCCACCGAGTTTGCCTGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAAGGTG...CAGGTCCGACTGCAGACACAGCCACCGAGTTTGCCTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAACCTCCCATGTACTCTGGGACCTTTGACTGTTTCCGGAAGACTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106759 CAACCTCCCATGTACTCTGGGACCTTTGACTGTTTCCGGAAGACTCTTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAGAGAG         GGCATCACGGGGCTATATCGGGGAATGGCTGCCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106809 TAGAGAGGTT...CAGGGCATCACGGGGCTATATCGGGGAATGGCTGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTATCATCGGGGTCACTCCCATGTTTGCCGTGTGCTTCTTTGGGTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114705 CTATCATCGGGGTCACTCCCATGTTTGCCGTGTGCTTCTTTGGGTTTGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGGGGAAGAAACTACAACAGAAACACCCAGAAGATGTGCTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114755 TTGGGGAAGAAACTACAACAGAAACACCCAGAAGATGTGCTCAGGTG...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    327    CTATCCCCAGCTTTTTGCAGCTGGGATGTTATCTGGCGTATTCACCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119344 CAGCTATCCCCAGCTTTTTGCAGCTGGGATGTTATCTGGCGTATTCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGGAATCATGACTCCTGGAGAACGGATCAAGTGCTTATTACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119394 CAGGAATCATGACTCCTGGAGAACGGATCAAGTGCTTATTACAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    418    ATTCAGGCTTCTTCAGGAGAAAGCAAGTACACTGGTACCTTGGACTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136133 CAGATTCAGGCTTCTTCAGGAGAAAGCAAGTACACTGGTACCTTGGACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCAAAGAAGCTGTACCAGGAGTTTGGGATCCGAGGCATCTACAAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136183 TGCAAAGAAGCTGTACCAGGAGTTTGGGATCCGAGGCATCTACAAAGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGTGCTTACCCTTATGCGAG         ATGTCCCAGCTAGTGGAATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 136233 CTGTGCTTACCCTTATGCGAGGTA...CAGATGTCCCAGCTAGTGGAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATTTCATGACATATGAATGGCTGAAAAATATCTTCACTCCGGAGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139188 TATTTCATGACATATGAATGGCTGAAAAATATCTTCACTCCGGAGGGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAG         GGTCAGTGAGCTCAGTGCCCCTCGGATCTTGGTGGCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139238 GAGGTG...CAGGGTCAGTGAGCTCAGTGCCCCTCGGATCTTGGTGGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGGGCATTGCAGGGATCTTCAACTGGGCTGTGGCAATCCCCCCAGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139632 GGGGCATTGCAGGGATCTTCAACTGGGCTGTGGCAATCCCCCCAGATGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTCAAGTCTCGATTCCAGACTG         CACCTCCTGGGAAATATCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 139682 CTCAAGTCTCGATTCCAGACTGGTG...CAGCACCTCCTGGGAAATATCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TAATGGTTTCAGAGATGTGCTGAGGGAGCTGATCCGGGATGAAGGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140183 TAATGGTTTCAGAGATGTGCTGAGGGAGCTGATCCGGGATGAAGGAGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CATCCTTGTACAAAGGGTTCAATGCAGTGATGATCCGAGCCTTCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140233 CATCCTTGTACAAAGGGTTCAATGCAGTGATGATCCGAGCCTTCCCAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AATGCG         GCCTGTTTCCTTGGCTTTGAAGTTGCCATGAAGTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140283 AATGCGGTG...TAGGCCTGTTTCCTTGGCTTTGAAGTTGCCATGAAGTT

    950     .    :    .    :    .
    879 CCTTAATTGGGCCACCCCCAACTTG
        |||||||||||||||||||||||||
 141058 CCTTAATTGGGCCACCCCCAACTTG