seq1 = pF1KE6242.tfa, 831 bp
seq2 = pF1KE6242/gi568815577f_35970116.tfa (gi568815577f:35970116_36172879), 202764 bp

>pF1KE6242 831
>gi568815577f:35970116_36172879 (Chr21)

1-289  (100001-100289)   100% ->
290-397  (100835-100942)   100% ->
398-831  (102331-102764)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTCCGGCATCCATGTAGCGCTGGTGACTGGAGGCAACAAGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTCCGGCATCCATGTAGCGCTGGTGACTGGAGGCAACAAGGGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCTTGGCCATCGTGCGCGACCTGTGCCGGCTGTTCTCGGGGGACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCTTGGCCATCGTGCGCGACCTGTGCCGGCTGTTCTCGGGGGACGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTCACGGCGCGGGACGTGACGCGGGGCCAGGCGGCCGTACAGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTCACGGCGCGGGACGTGACGCGGGGCCAGGCGGCCGTACAGCAGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGCGGAGGGCCTGAGCCCGCGCTTCCACCAGCTGGACATCGACGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGCGGAGGGCCTGAGCCCGCGCTTCCACCAGCTGGACATCGACGATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGAGCATCCGCGCCCTGCGCGACTTCCTGCGCAAGGAGTACGGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGAGCATCCGCGCCCTGCGCGACTTCCTGCGCAAGGAGTACGGGGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGACGTGCTGGTCAACAACGCGGGCATCGCCTTCAAGG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100251 TGGACGTGCTGGTCAACAACGCGGGCATCGCCTTCAAGGGTA...AAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGATCCCACACCCTTTCATATTCAAGCTGAAGTGACGATGAAAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100837 GCTGATCCCACACCCTTTCATATTCAAGCTGAAGTGACGATGAAAACAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTTCTTTGGTACCCGAGATGTGTGCACAGAATTACTCCCTCTAATAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100887 TTTCTTTGGTACCCGAGATGTGTGCACAGAATTACTCCCTCTAATAAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCCAAG         GGAGAGTGGTGAACGTATCTAGCATCATGAGCGTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100937 CCCAAGGTG...TAGGGAGAGTGGTGAACGTATCTAGCATCATGAGCGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGAGCCCTTAAAAGCTGCAGCCCAGAGCTGCAGCAGAAGTTCCGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102366 AGAGCCCTTAAAAGCTGCAGCCCAGAGCTGCAGCAGAAGTTCCGCAGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GACCATCACTGAGGAGGAGCTGGTGGGGCTCATGAACAAGTTTGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102416 GACCATCACTGAGGAGGAGCTGGTGGGGCTCATGAACAAGTTTGTGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATACAAAGAAGGGAGTGCACCAGAAGGAGGGCTGGCCCAGCAGCGCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102466 ATACAAAGAAGGGAGTGCACCAGAAGGAGGGCTGGCCCAGCAGCGCATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGGGTGACGAAGATTGGCGTCACCGTTCTGTCCAGGATCCACGCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102516 GGGGTGACGAAGATTGGCGTCACCGTTCTGTCCAGGATCCACGCCAGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ACTGAGTGAGCAGAGGAAAGGGGACAAGATCCTCCTGAATGCCTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102566 ACTGAGTGAGCAGAGGAAAGGGGACAAGATCCTCCTGAATGCCTGCTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CAGGGTGGGTGAGAACTGACATGGCGGGACCCAAGGCCACCAAGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102616 CAGGGTGGGTGAGAACTGACATGGCGGGACCCAAGGCCACCAAGAGCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GAAGAAGGTGCAGAGACCCCTGTGTACTTGGCCCTTTTGCCCCCAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102666 GAAGAAGGTGCAGAGACCCCTGTGTACTTGGCCCTTTTGCCCCCAGATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    783 TGAGGGTCCCCATGGACAATTTGTTTCAGAGAAGAGAGTTGAACAGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102716 TGAGGGTCCCCATGGACAATTTGTTTCAGAGAAGAGAGTTGAACAGTGG