seq1 = pF1KE6237.tfa, 720 bp
seq2 = pF1KE6237/gi568815594f_24699522.tfa (gi568815594f:24699522_24900241), 200720 bp

>pF1KE6237 720
>gi568815594f:24699522_24900241 (Chr4)

1-720  (100001-100720)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGCGCTACTGTGTTCCTGCCTGCTCCTGGCAGCCGGTGCCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGCGCTACTGTGTTCCTGCCTGCTCCTGGCAGCCGGTGCCTCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCTGGACGGGCGAGGACTCGGCGGAGCCCAACTCTGACTCGGCGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCTGGACGGGCGAGGACTCGGCGGAGCCCAACTCTGACTCGGCGGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGATCCGAGACATGTACGCCAAGGTCACGGAGATCTGGCAGGAGGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGATCCGAGACATGTACGCCAAGGTCACGGAGATCTGGCAGGAGGTCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCGGCGGGACGACGACGGCACGCTCCACGCCGCCTGCCAGGTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCGGCGGGACGACGACGGCGCGCTCCACGCCGCCTGCCAGGTGCAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCGGCCACGCTGGACGCCGCGCAGCCCCGGGTGACCGGCGTCGTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCGGCCACGCTGGACGCCGCGCAGCCCCGGGTGACCGGCGTCGTCCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCGGCAGCTTGCGCCCCGCGCCAAGCTCGACGCCTTCTTCGCCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCGGCAGCTTGCGCCCCGCGCCAAGCTCGACGCCTTCTTCGCCCTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCTTCCCGACCGAGCCGAACAGCTCCAGCCGCGCCATCCACGTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCTTCCCGACCGAGCCGAACAGCTCCAGCCGCGCCATCCACGTGCACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTTCGGGGACCTGAGCCAGGGCTGCGAGTCCACCGGGCCCCACTACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTTCGGGGACCTGAGCCAGGGCTGCGAGTCCACCGGGCCCCACTACAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCTGGCCGTGCCGCACCCGCAGCACCCGGGCGACTTCGGCAACTTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGCTGGCCGTGCCGCACCCGCAGCACCCGGGCGACTTCGGCAACTTCGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCCGCGACGGCAGCCTCTGGAGGTACCGCGCCGGCCTGGCCGCCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTCCGCGACGGCAGCCTCTGGAGGTACCGCGCCGGCCTGGCCGCCTCGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGCGGGCCCGCACTCCATCGTGGGCCGGGCCGTGGTCGTCCACGCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGCGGGCCCGCACTCCATCGTGGGCCGGGCCGTGGTCGTCCACGCTGGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGACGACCTGGGCCGCGGCGGCAACCAGGCCAGCGTGGAGAACGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGACGACCTGGGCCGCGGCGGCAACCAGGCCAGCGTGGAGAACGGGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCGGGCCGGCGGCTGGCCTGCTGCGTGGTGGGCGTGTGCGGGCCCGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCGGGCCGGCGGCTGGCCTGCTGCGTGGTGGGCGTGTGCGGGCCCGGGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTGGGAGCGCCAGGCGCGGGAGCACTCAGAGCGCAAGAAGCGGCGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTGGGAGCGCCAGGCGCGGGAGCACTCAGAGCGCAAGAAGCGGCGGCGCG

    700     .    :    .    :
    701 AGAGCGAGTGCAAGGCCGCC
        ||||||||||||||||||||
 100701 AGAGCGAGTGCAAGGCCGCC