seq1 = pF1KE6235.tfa, 747 bp
seq2 = pF1KE6235/gi568815575f_38461547.tfa (gi568815575f:38461547_38787664), 326118 bp

>pF1KE6235 747
>gi568815575f:38461547_38787664 (ChrX)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-270  (204575-204763)   99% ->
271-345  (209830-209904)   100% ->
346-441  (212675-212770)   98% ->
442-597  (214159-214314)   100% ->
598-681  (219658-219741)   100% ->
682-747  (226053-226118)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATCGAGGAGAATGGAGACCAAACCTGTGATAACCTGTCTCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATCGAGGAGAATGGAGACCAAACCTGTGATAACCTGTCTCAAAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCCTCATCATCTACTCCTTCGTCTTCTGG         ATCACTGGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 CCTCCTCATCATCTACTCCTTCGTCTTCTGGGTA...CAGATCACTGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGATCCTGCTGGCTGTTGGAGTCTGGGGCAAACTTACTCTGGGCACCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204585 TGATCCTGCTGGCTGTTGGAGTCTGGGGCAAACTTACTCTGGGCACCTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCTCCCTTATTGCCAAGAACTCCACAAATGCTCCCTATGTGCTCATCGG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204635 ATCTCCCTTATTGCCGAGAACTCCACAAATGCTCCCTATGTGCTCATCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACTGGCACCACTATTGTTGTCTTTGGCCTGTTTGGATGCTTTGCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204685 AACTGGCACCACTATTGTTGTCTTTGGCCTGTTTGGATGCTTTGCTACAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTCGTGGTAGCCCATGGATGCTGAAACTG         TATGCCATGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 204735 GTCGTGGTAGCCCATGGATGCTGAAACTGGTG...CAGTATGCCATGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGTCCCTGGTGTTCCTGGCTGAGCTCGTAGCTGGCATTTCAGGGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209842 CTGTCCCTGGTGTTCCTGGCTGAGCTCGTAGCTGGCATTTCAGGGTTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTTCGTCATGAG         ATCAAGGACACCTTCCTGAGGACTTACA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 209892 GTTTCGTCATGAGGTG...TAGATCAAGGACACCTTCCTGAGGACTTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGACACTATGCAGACTTACAATGGCAATGATGAGAGGAGCCGGGCAGTG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212703 CGGACGCTATGCAGACTTACAATGGCAATGATGAGAGGAGCCGGGCAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACCATGTGCAGCGCAGC         CTGAGCTGCTGTGGTGTGCAGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 212753 GACCATGTGCAGCGCAGCGTA...TAGCTGAGCTGCTGTGGTGTGCAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTACACCAACTGGAGCACCAGCCCCTACTTCCTGGAGCATGGCATCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214182 CTACACCAACTGGAGCACCAGCCCCTACTTCCTGGAGCATGGCATCCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAGCTGCTGCATGAACGAAACTGATTGTAATCCCCAGGATCTACACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214232 CCAGCTGCTGCATGAACGAAACTGATTGTAATCCCCAGGATCTACACAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGACTGTGGCCGCCACCAAAGTTAACCAGAAG         GGTTGTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 214282 CTGACTGTGGCCGCCACCAAAGTTAACCAGAAGGTA...CAGGGTTGTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGATCTGGTAACTAGTTTCATGGAGACTAACATGGGAATCATCGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219666 TGATCTGGTAACTAGTTTCATGGAGACTAACATGGGAATCATCGCTGGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGCGTTTGGAATCGCATTCTCCCAG         TTAATTGGCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 219716 TGGCGTTTGGAATCGCATTCTCCCAGGTA...CAGTTAATTGGCATGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGGCCTGCTGTCTGTCCCGGTTCATCACGGCCAATCAGTATGAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226068 CTGGCCTGCTGTCTGTCCCGGTTCATCACGGCCAATCAGTATGAGATGGT

    800 
    747 G
        |
 226118 G