seq1 = pF1KE6234.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KE6234/gi568815592f_29559316.tfa (gi568815592f:29559316_29770876), 211561 bp

>pF1KE6234 885
>gi568815592f:29559316_29770876 (Chr6)

1-88  (97895-97982)   98% ->
89-436  (100004-100351)   100% ->
437-550  (106837-106950)   99% ->
551-571  (108328-108348)   100% ->
572-592  (108589-108609)   100% ->
593-709  (110966-111082)   100% ->
710-885  (111386-111561)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAAGCTTATCGAGACCCTCTCTGCCCAGCTGCCTCTGCTCCTTCCT
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
  97895 ATGGCAAGCTTATCAAGACCCTCTCTGCCCAGCTGCCTCTGCTCCTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCCTCCTCCTCCTCCAAGTGTCTTCCAGCTATGCAG         GGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
  97945 CCTCCTCCTCCTCCTCCAAGTGTCTTCCAGCTATGCAGGTA...CAGGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTTCAGAGTGATAGGACCAAGACACCCTATCCGGGCTCTGGTCGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100007 AGTTCAGAGTGATAGGACCAAGACACCCTATCCGGGCTCTGGTCGGGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGTGGAATTGCCATGTCGCATATCTCCTGGGAAGAACGCTACAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100057 GAAGTGGAATTGCCATGTCGCATATCTCCTGGGAAGAACGCTACAGGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGGTGGGGTGGTACCGCCCCCCCTTCTCTAGGGTGGTTCATCTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100107 GGAGGTGGGGTGGTACCGCCCCCCCTTCTCTAGGGTGGTTCATCTCTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GAAATGGCAAGGACCAAGATGGAGACCAGGCACCTGAATATCGGGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100157 GAAATGGCAAGGACCAAGATGGAGACCAGGCACCTGAATATCGGGGCCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACAGAGCTGCTGAAAGATGCTATTGGTGAGGGAAAGGTGACTCTCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100207 ACAGAGCTGCTGAAAGATGCTATTGGTGAGGGAAAGGTGACTCTCAGGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCGGAATGTAAGGTTCTCAGATGAAGGAGGTTTCACCTGCTTCTTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100257 CCGGAATGTAAGGTTCTCAGATGAAGGAGGTTTCACCTGCTTCTTCCGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATCATTCTTACCAAGAGGAGGCAGCAATGGAATTGAAAGTAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100307 ATCATTCTTACCAAGAGGAGGCAGCAATGGAATTGAAAGTAGAAGGTG..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    437     ATCCTTTCTACTGGGTGAGCCCTGGAGTGCTGGTTCTCCTCGCGGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100357 .CAGATCCTTTCTACTGGGTGAGCCCTGGAGTGCTGGTTCTCCTCGCGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGCCTGTGCTCCTCCTGCAGATCACTGTTGGCCTCGTCTTCCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 106883 GCTGCCTGTGCTCCTCCTGCAGATCACTGTTGGCCTCATCTTCCTCTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCAGTACAGACTGAGAG         GAAAACTTCGAGCAGAGATAG  
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||>>
 106933 TGCAGTACAGACTGAGAGGTA...TAGGAAAACTTCGAGCAGAGATAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572        AGAATCTCCACCGGACTTTTG         ATCCCCACTTTCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108351 G...CAGAGAATCTCCACCGGACTTTTGGTA...CAGATCCCCACTTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GAGGGTGCCCTGCTGGAAGATAACCCTGTTTGTAATTGTGCCGGTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110979 GAGGGTGCCCTGCTGGAAGATAACCCTGTTTGTAATTGTGCCGGTTCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GACCCTTGGTTGCCTTGATCATCTGCTACAACTGGCTACATCGAAGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111029 GACCCTTGGTTGCCTTGATCATCTGCTACAACTGGCTACATCGAAGACTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCAG         GGCAATTCCTTGAAGAGCTACGTAAGTTCTCTTCTCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111079 GCAGGTG...CAGGGCAATTCCTTGAAGAGCTACGTAAGTTCTCTTCTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTGTTATAAGCAGAGAATAAAAAGCCAGGAAAGGGAGACAGAAGCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111423 CTGTTATAAGCAGAGAATAAAAAGCCAGGAAAGGGAGACAGAAGCAACAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAGGAAGAGGCGGGCTATTGAGGGATCACATTCCCAGAGGAAAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111473 GAGGAAGAGGCGGGCTATTGAGGGATCACATTCCCAGAGGAAAGGAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .
    847 CTGGAGAGCCTGGGTGGAGGGAAGACTCCTCCTGGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111523 CTGGAGAGCCTGGGTGGAGGGAAGACTCCTCCTGGGAGG