seq1 = pF1KE6232.tfa, 900 bp
seq2 = pF1KE6232/gi568815589r_133251916.tfa (gi568815589r:133251916_133456453), 204538 bp

>pF1KE6232 900
>gi568815589r:133251916_133456453 (Chr9)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-106  (100134-100185)   100% ->
107-240  (101497-101630)   100% ->
241-323  (101713-101795)   100% ->
324-515  (102514-102705)   99% ->
516-588  (103688-103760)   100% ->
589-751  (103846-104008)   100% ->
752-833  (104312-104393)   100% ->
834-900  (104472-104538)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGTGGCTGCGTTGCAGCTGGGGCTGCGGGCGGCGGGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGTGGCTGCGTTGCAGCTGGGGCTGCGGGCGGCGGGGCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACGG         GCCCCGGCCAGCGCCGCCTGGAGGAGCGTCCTCAGGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACGGGTG...CAGGCCCCGGCCAGCGCCGCCTGGAGGAGCGTCCTCAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTCCCCGCGCCCAG         GGGTGGCCTGGAGGCCAAGCAGATGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100171 TCTCCCCGCGCCCAGGTG...CAGGGGTGGCCTGGAGGCCAAGCAGATGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGCAGTTCTGCAGCAGAAGCATCTGCCACAAAAGCGGAAGATGACTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101523 GGCAGTTCTGCAGCAGAAGCATCTGCCACAAAAGCGGAAGATGACTCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTTCAGTGGGTCCTGCTCCTCATCCCTGTGACTGCCTTTGGCTTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101573 TCTTCAGTGGGTCCTGCTCCTCATCCCTGTGACTGCCTTTGGCTTGGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CATGGCAG         GTCCAGCGTCGGAAGTGGAAGCTGAACCTGATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101623 CATGGCAGGTA...TAGGTCCAGCGTCGGAAGTGGAAGCTGAACCTGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCAGAGTTGGAGTCCAGAGTTCTGGCTGAGCCTGTCCCTCTGCCAGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101746 GCAGAGTTGGAGTCCAGAGTTCTGGCTGAGCCTGTCCCTCTGCCAGCCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324          TCCAATGGAACTGAAAAATCTGGAGTATAGGCCAGTGAAGG
        >>>...>>> ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101796 GTG...CAGCCCAATGGAACTGAAAAATCTGGAGTATAGGCCAGTGAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCAGGGGGTGCTTTGACCATTCCAAGGAGCTGTATATGATGCCCCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102555 TCAGGGGGTGCTTTGACCATTCCAAGGAGCTGTATATGATGCCCCGGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGGTGGACCCTGTCCGGGAGGCCCGGGAGGGCGGCCTCATCTCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102605 ATGGTGGACCCTGTCCGGGAGGCCCGGGAGGGCGGCCTCATCTCCTCCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACTCAGAGTGGGGCCTATGTGGTCACTCCCTTCCACTGCACCGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102655 AACTCAGAGTGGGGCCTATGTGGTCACTCCCTTCCACTGCACCGACCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 G         AGTCACCATCCTGGTAAATAGAGGGTTCGTTCCCAGGAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102705 GGTG...TAGAGTCACCATCCTGGTAAATAGAGGGTTCGTTCCCAGGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAAGTGAATCCTGAAACCCGGCAGAAAGGCCAG         ATTGAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103728 AAAGTGAATCCTGAAACCCGGCAGAAAGGCCAGGTA...TAGATTGAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGAAGTGGACCTCATTGGGATGGTGAGGCTGACAGAAACCAGGCAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103854 AGAAGTGGACCTCATTGGGATGGTGAGGCTGACAGAAACCAGGCAGCCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTGTCCCTGAGAACAATCCAGAAAGGAACCACTGGCATTATCGAGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103904 TTGTCCCTGAGAACAATCCAGAAAGGAACCACTGGCATTATCGAGACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAGCTATGGCCAGAATCACAGGCGCAGAGCCCATCTTCATTGATGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103954 GAAGCTATGGCCAGAATCACAGGCGCAGAGCCCATCTTCATTGATGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTCC         AGAGCACAGTCCCTGGAGGACCCATTGGAGGGCAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104004 CTTCCGTA...CAGAGAGCACAGTCCCTGGAGGACCCATTGGAGGGCAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCAGAGTTACTCTGAGGAACGAGCATCTGCAGTACATCGTGACCTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104348 CCAGAGTTACTCTGAGGAACGAGCATCTGCAGTACATCGTGACCTGGTG.

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    834      GTATGGACTCTCTGCAGCTACATCCTACCTGTGGTTTAAGAAATT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104398 ..TAGGTATGGACTCTCTGCAGCTACATCCTACCTGTGGTTTAAGAAATT

    950     .    :    .    :
    879 CCTACGTGGGACACCTGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||
 104517 CCTACGTGGGACACCTGGTGTG