seq1 = pF1KE6230.tfa, 900 bp
seq2 = pF1KE6230/gi568815594f_15678415.tfa (gi568815594f:15678415_15948599), 270185 bp

>pF1KE6230 900
>gi568815594f:15678415_15948599 (Chr4)

1-233  (100001-100233)   100% ->
234-363  (138097-138226)   100% ->
364-499  (146467-146602)   100% ->
500-585  (155803-155888)   100% ->
586-659  (159678-159751)   100% ->
660-752  (161612-161704)   100% ->
753-839  (162038-162124)   100% ->
840-900  (170125-170185)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAACTGCGAGTTCAGCCCGGTGTCCGGGGACAAACCCTGCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAACTGCGAGTTCAGCCCGGTGTCCGGGGACAAACCCTGCTGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCTCTAGGAGAGCCCAACTCTGTCTTGGCGTCAGTATCCTGGTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCTCTAGGAGAGCCCAACTCTGTCTTGGCGTCAGTATCCTGGTCCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTCGTCGTGGTGCTCGCGGTGGTCGTCCCGAGGTGGCGCCAGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTCGTCGTGGTGCTCGCGGTGGTCGTCCCGAGGTGGCGCCAGCAGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCGGTCCGGGCACCACCAAGCGCTTTCCCGAGACCGTCCTGGCGCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCGGTCCGGGCACCACCAAGCGCTTTCCCGAGACCGTCCTGGCGCGATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTCAAGTACACTGAAATTCATCCTGAGATGAG         ACATGTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100201 CGTCAAGTACACTGAAATTCATCCTGAGATGAGGTG...CAGACATGTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTGCCAAAGTGTATGGGATGCTTTCAAGGGTGCATTTATTTCAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138105 ACTGCCAAAGTGTATGGGATGCTTTCAAGGGTGCATTTATTTCAAAACAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTTGCAACATTACTGAAGAAGACTATCAGCCACTAATGAAGTTGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138155 CCTTGCAACATTACTGAAGAAGACTATCAGCCACTAATGAAGTTGGGAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCAGACCGTACCTTGCAACAAG         ATTCTTCTTTGGAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 138205 TCAGACCGTACCTTGCAACAAGGTA...TAGATTCTTCTTTGGAGCAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAAAAGATCTGGCCCATCAGTTCACACAGGTCCAGCGGGACATGTTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146486 TAAAAGATCTGGCCCATCAGTTCACACAGGTCCAGCGGGACATGTTCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGAGGACACGCTGCTAGGCTACCTTGCTGATGACCTCACATGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146536 CTGGAGGACACGCTGCTAGGCTACCTTGCTGATGACCTCACATGGTGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAATTCAACACTTCCA         AAATAAACTATCAATCTTGCCCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 146586 TGAATTCAACACTTCCAGTG...TAGAAATAAACTATCAATCTTGCCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTGGAGAAAGGACTGCAGCAACAACCCTGTTTCAGTATTCTGGAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155827 ACTGGAGAAAGGACTGCAGCAACAACCCTGTTTCAGTATTCTGGAAAACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTTTCCCGCAGG         TTTGCAGAAGCTGCCTGTGATGTGGTCCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 155877 GTTTCCCGCAGGGTA...AAGTTTGCAGAAGCTGCCTGTGATGTGGTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTGATGCTCAATGGATCCCGCAGTAAAATCTTTGACAAAAACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 159707 TGTGATGCTCAATGGATCCCGCAGTAAAATCTTTGACAAAAACAGGTA..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    660     CACTTTTGGGAGTGTGGAAGTCCATAATTTGCAACCAGAGAAGGTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159757 .TAGCACTTTTGGGAGTGTGGAAGTCCATAATTTGCAACCAGAGAAGGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGACACTAGAGGCCTGGGTGATACATGGTGGAAGAGAAGATTCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 161658 CAGACACTAGAGGCCTGGGTGATACATGGTGGAAGAGAAGATTCCAGGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    753       AGACTTATGCCAGGATCCCACCATAAAAGAGCTGGAATCGATTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161708 ...CAGAGACTTATGCCAGGATCCCACCATAAAAGAGCTGGAATCGATTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TAAGCAAAAGGAATATTCAATTTTCCTGCAAGAATATCTACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 162082 TAAGCAAAAGGAATATTCAATTTTCCTGCAAGAATATCTACAGGTA...T

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    840   ACCTGACAAGTTTCTTCAGTGTGTGAAAAATCCTGAGGATTCATCTTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170123 AGACCTGACAAGTTTCTTCAGTGTGTGAAAAATCCTGAGGATTCATCTTG

    950     .    :
    888 CACATCTGAGATC
        |||||||||||||
 170173 CACATCTGAGATC