seq1 = pF1KE6229.tfa, 579 bp
seq2 = pF1KE6229/gi568815593f_115742038.tfa (gi568815593f:115742038_116013487), 271450 bp

>pF1KE6229 579
>gi568815593f:115742038_116013487 (Chr5)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-161  (124633-124724)   100% ->
162-273  (127980-128091)   100% ->
274-345  (153050-153121)   100% ->
346-453  (160848-160955)   100% ->
454-579  (171325-171450)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCAAGGCGATCCTAATCTTCAACAACCACGGGAAGCCGCGGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCAAGGCGATCCTAATCTTCAACAACCACGGGAAGCCGCGGCTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGTTCTACCAGCCCTAC         AGTGAAGATACACAACAGCAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGTTCTACCAGCCCTACGTG...CAGAGTGAAGATACACAACAGCAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCATCAGGGAGACTTTCCATTTGGTATCTAAGAGAGATGAAAATGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124655 TCATCAGGGAGACTTTCCATTTGGTATCTAAGAGAGATGAAAATGTTTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATTTCCTAGAAGGAGGATT         ATTAATTGGAGGATCTGACAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 124705 AATTTCCTAGAAGGAGGATTGTA...TAGATTAATTGGAGGATCTGACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAACTGATTTATAGACATTATGCAACGTTATATTTTGTCTTCTGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128001 CAAACTGATTTATAGACATTATGCAACGTTATATTTTGTCTTCTGTGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATTCTTCAGAAAGTGAACTTGGCATTTTAGATCTAATTCAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 128051 ATTCTTCAGAAAGTGAACTTGGCATTTTAGATCTAATTCAAGTA...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTATTTGTGGAAACATTAGACAAATGTTTTGAAAATGTCTGTGAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153050 GTATTTGTGGAAACATTAGACAAATGTTTTGAAAATGTCTGTGAGCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTTGATTTTCCATGTAGACAAG         GTTCACAATATTCTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 153100 TTTGATTTTCCATGTAGACAAGGTA...TAGGTTCACAATATTCTTGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAATGGTGATGGGGGGAATGGTATTGGAGACAAATATGAATGAGATTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160867 AAATGGTGATGGGGGGAATGGTATTGGAGACAAATATGAATGAGATTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACACAAATTGATGCACAAAATAAGCTGGAAAAATCTGAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 160917 ACACAAATTGATGCACAAAATAAGCTGGAAAAATCTGAGGTA...CAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGGCTTAGCAGGAGCTCCAGCCCGTGCTGTATCAGCTGTAAAGAATATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171327 TGGCTTAGCAGGAGCTCCAGCCCGTGCTGTATCAGCTGTAAAGAATATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATCTTCCTGAGATCCCAAGAAATATTAACATTGGTGACATCAGTATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171377 ATCTTCCTGAGATCCCAAGAAATATTAACATTGGTGACATCAGTATAAAA

    600     .    :    .    :
    556 GTGCCAAACCTGCCCTCTTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||
 171427 GTGCCAAACCTGCCCTCTTTTAAA