seq1 = pF1KE6220.tfa, 864 bp
seq2 = pF1KE6220/gi568815597r_27269239.tfa (gi568815597r:27269239_27474818), 205580 bp

>pF1KE6220 864
>gi568815597r:27269239_27474818 (Chr1)

(complement)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-187  (100368-100463)   100% ->
188-232  (100810-100854)   100% ->
233-360  (101556-101683)   100% ->
361-490  (103847-103976)   100% ->
491-625  (104089-104223)   100% ->
626-864  (105342-105580)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCTACTGTGGATCCTGCCCTCCCTGTGGCTTCTCCTGCTTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCTACTGTGGATCCTGCCCTCCCTGTGGCTTCTCCTGCTTGGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCTGCCTGCCTGAAGACCCAGGAACACCCCAGCTGCCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 GCCTGCCTGCCTGAAGACCCAGGAACACCCCAGCTGCCCAGGTG...TAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GACCCAGGGAACTGGAAGCCAGCAAAGTTGTCCTCCTGCCCAGTTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100368 GACCCAGGGAACTGGAAGCCAGCAAAGTTGTCCTCCTGCCCAGTTGTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAGCTCCAGGAAGTCCTGGGGAGAAGGGAGCCCCAGGTCCTCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100418 GGAGCTCCAGGAAGTCCTGGGGAGAAGGGAGCCCCAGGTCCTCAAGGTG.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GGCCACCTGGACCACCAGGCAAGATGGGCCCCAAGGGTGAGCCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100468 ..CAGGGCCACCTGGACCACCAGGCAAGATGGGCCCCAAGGGTGAGCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233          GCCCCAGAAACTGCCGGGAGCTGTTGAGCCAGGGCGCCACC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100855 GTG...CAGGCCCCAGAAACTGCCGGGAGCTGTTGAGCCAGGGCGCCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGAGCGGCTGGTACCATCTGTGCCTACCTGAGGGCAGGGCCCTCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101597 TTGAGCGGCTGGTACCATCTGTGCCTACCTGAGGGCAGGGCCCTCCCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTTTGTGACATGGACACCGAGGGGGGCGGCTGGCTG         GTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101647 CTTTTGTGACATGGACACCGAGGGGGGCGGCTGGCTGGTG...CAGGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTCAGAGGCGCCAGGATGGTTCTGTGGATTTCTTCCGCTCTTGGTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103851 TTCAGAGGCGCCAGGATGGTTCTGTGGATTTCTTCCGCTCTTGGTCCTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TACAGAGCAGGTTTTGGGAACCAAGAGTCTGAATTCTGGCTGGGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103901 TACAGAGCAGGTTTTGGGAACCAAGAGTCTGAATTCTGGCTGGGAAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAATTTGCACCAGCTTACTCTCCAGG         GTAACTGGGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103951 GAATTTGCACCAGCTTACTCTCCAGGGTG...CAGGTAACTGGGAGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGGTAGAGCTGGAAGACTTTAATGGTAACCGTACTTTCGCCCACTATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104104 GGGTAGAGCTGGAAGACTTTAATGGTAACCGTACTTTCGCCCACTATGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACCTTCCGCCTCCTCGGTGAGGTAGACCACTACCAGCTGGCACTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104154 ACCTTCCGCCTCCTCGGTGAGGTAGACCACTACCAGCTGGCACTGGGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTTCTCAGAGGGCACTGCAG         GGGATTCCCTGAGCCTCCACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104204 GTTCTCAGAGGGCACTGCAGGTG...TAGGGGATTCCCTGAGCCTCCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GTGGGAGGCCCTTTACCACCTATGACGCTGACCACGATTCAAGCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105363 GTGGGAGGCCCTTTACCACCTATGACGCTGACCACGATTCAAGCAACAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AACTGTGCAGTGATTGTCCACGGTGCCTGGTGGTATGCATCCTGTTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105413 AACTGTGCAGTGATTGTCCACGGTGCCTGGTGGTATGCATCCTGTTACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATCAAATCTCAATGGTCGCTATGCAGTGTCTGAGGCTGCCGCCCACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105463 ATCAAATCTCAATGGTCGCTATGCAGTGTCTGAGGCTGCCGCCCACAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGGCATTGACTGGGCCTCAGGCCGTGGTGTGGGCCACCCCTACCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105513 ATGGCATTGACTGGGCCTCAGGCCGTGGTGTGGGCCACCCCTACCGCAGG

    900     .    :    .
    847 GTTCGGATGATGCTTCGA
        ||||||||||||||||||
 105563 GTTCGGATGATGCTTCGA