seq1 = pF1KE6219.tfa, 546 bp
seq2 = pF1KE6219/gi568815587f_1740401.tfa (gi568815587f:1740401_1941548), 201148 bp

>pF1KE6219 546
>gi568815587f:1740401_1941548 (Chr11)

14-57  (100001-100044)   100% ->
58-186  (100128-100256)   99% ->
187-276  (100419-100508)   100% ->
277-453  (100631-100807)   100% ->
454-546  (101056-101148)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 AGAAGCGGAACAGGGCCATCACGGCCCGCAGGCAGCACCTGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 AGAAGCGGAACAGGGCCATCACGGCCCGCAGGCAGCACCTGAAGGTA...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58    AGCGTGATGCTGCAGATAGCGGCCACGGAGCTGGAGAAGGAGGAGAG
        >>>|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100125 CAGAGTGTGATGCTGCAGATAGCGGCCACGGAGCTGGAGAAGGAGGAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    105 CCGCCGTGAGGCAGAGAAGCAGAACTACCTGGCGGAGCACTGCCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100175 CCGCCGTGAGGCAGAGAAGCAGAACTACCTGGCGGAGCACTGCCCGCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    155 TGCATATCCCGGGCTCCATGTCTGAAGTGCAG         GAGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100225 TGCATATCCCGGGCTCCATGTCTGAAGTGCAGGTA...TAGGAGCTCTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196 AAACAGCTGCACGCCAAGATCGATGCGGCTGAAGAGGAGAAGTACGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100428 AAACAGCTGCACGCCAAGATCGATGCGGCTGAAGAGGAGAAGTACGACAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    246 GGAGGTGAGGGTGCAGAAGACCAGCAAGGAG         CTGGAGGACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100478 GGAGGTGAGGGTGCAGAAGACCAGCAAGGAGGTG...CAGCTGGAGGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287 TGAACCAGAAGCTATTTGATCTGCGGGGCAAGTTCAAGCGGCCCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100641 TGAACCAGAAGCTATTTGATCTGCGGGGCAAGTTCAAGCGGCCCCCACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337 CGGAGGGTGCGCATGTCGGCCGATGCCATGCTCAAGGCCCTGCTGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100691 CGGAGGGTGCGCATGTCGGCCGATGCCATGCTCAAGGCCCTGCTGGGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    387 GAAGCACAAGGTGTGCATGGACCTGAGGGCCAACCTGAAGCAGGTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100741 GAAGCACAAGGTGTGCATGGACCTGAGGGCCAACCTGAAGCAGGTCAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    437 AGGAGGACACAGAGAAG         GAGCGGGACCTGCGAGACGTGGGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100791 AGGAGGACACAGAGAAGGTG...CAGGAGCGGGACCTGCGAGACGTGGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478 GACTGGAGGAAGAACATCGAGGAGAAGTCTGGCATGGAGGGCCGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101080 GACTGGAGGAAGAACATCGAGGAGAAGTCTGGCATGGAGGGCCGGAAGAA

    550     .    :    .
    528 GATGTTTGAGTCCGAGTCC
        |||||||||||||||||||
 101130 GATGTTTGAGTCCGAGTCC