seq1 = pF1KE6217.tfa, 792 bp
seq2 = pF1KE6217/gi568815587f_47479092.tfa (gi568815587f:47479092_47684478), 205387 bp

>pF1KE6217 792
>gi568815587f:47479092_47684478 (Chr11)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-133  (100178-100243)   100% ->
134-231  (101434-101531)   100% ->
232-381  (101744-101893)   100% ->
382-507  (102997-103122)   100% ->
508-627  (103258-103377)   100% ->
628-792  (105223-105387)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCGGCGGTAGCCAGGCTGTGGTGGCGCGGGATCTTGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGCGGCGGTAGCCAGGCTGTGGTGGCGCGGGATCTTGGGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCGGCGCTGACCAGGG         GGACTGGGCGACCCTCCGTTCTGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCGGCGCTGACCAGGGGTG...CAGGGACTGGGCGACCCTCCGTTCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCTGCCGGTGAGGCGGGAGAGCGCCGGGGCCGACACGCGCC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100202 TGCTGCCGGTGAGGCGGGAGAGCGCCGGGGCCGACACGCGCCGTG...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    134  CCACTGTCAGACCACGGAATGATGTGGCCCACAAGCAGCTCTCAGCTTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101433 GCCACTGTCAGACCACGGAATGATGTGGCCCACAAGCAGCTCTCAGCTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGAGAGTATGTGGCTGAAATCTTGCCCAAGTATGTCCAACAAGTTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101483 TGGAGAGTATGTGGCTGAAATCTTGCCCAAGTATGTCCAACAAGTTCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232         GTGTCCTGCTTCAATGAGTTAGAGGTCTGTATCCATCCTGAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101533 TA...CAGGTGTCCTGCTTCAATGAGTTAGAGGTCTGTATCCATCCTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGCGTCATCCCAGTGCTGACTTTCCTCAGGGATCACACCAATGCACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101786 GGCGTCATCCCAGTGCTGACTTTCCTCAGGGATCACACCAATGCACAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAATCTCTGGTTGACTTGACAGCAGTGGACGTCCCAACTCGGCAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101836 CAAATCTCTGGTTGACTTGACAGCAGTGGACGTCCCAACTCGGCAAAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTTTTGAG         ATTGTCTACAACCTGTTGTCTCTGCGCTTCAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101886 GTTTTGAGGTC...TAGATTGTCTACAACCTGTTGTCTCTGCGCTTCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCACGGATCCGTGTGAAGACCTACACAGATGAGCTGACGCCCATTGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103030 TCACGGATCCGTGTGAAGACCTACACAGATGAGCTGACGCCCATTGAGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCTGTCTCTGTGTTCAAGGCAGCCAACTGGTATGAAAGGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103080 TGCTGTCTCTGTGTTCAAGGCAGCCAACTGGTATGAAAGGGAGGTG...T

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    508   ATCTGGGACATGTTTGGAGTCTTCTTTGCTAACCACCCTGATCTAAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103256 AGATCTGGGACATGTTTGGAGTCTTCTTTGCTAACCACCCTGATCTAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGGATCCTGACAGATTATGGCTTCGAGGGACATCCTTTCCGGAAAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103306 AGGATCCTGACAGATTATGGCTTCGAGGGACATCCTTTCCGGAAAGACTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCCTCTATCTGGCTATGTTGAG         TTACGTTATGATGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103356 TCCTCTATCTGGCTATGTTGAGGTA...CAGTTACGTTATGATGATGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGAAGCGGGTGGTGGCAGAGCCGGTGGAGTTGGCCCAAGAGTTCCGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105242 TGAAGCGGGTGGTGGCAGAGCCGGTGGAGTTGGCCCAAGAGTTCCGCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTTGACCTGAACAGCCCCTGGGAGGCTTTCCCAGTCTATCGCCAACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105292 TTTGACCTGAACAGCCCCTGGGAGGCTTTCCCAGTCTATCGCCAACCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    747 GGAGAGTCTCAAGCTTGAAGCCGGAGACAAGAAGCCTGATGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105342 GGAGAGTCTCAAGCTTGAAGCCGGAGACAAGAAGCCTGATGCCAAG