seq1 = pF1KE6216.tfa, 579 bp
seq2 = pF1KE6216/gi568815593f_151153217.tfa (gi568815593f:151153217_151367448), 214232 bp

>pF1KE6216 579
>gi568815593f:151153217_151367448 (Chr5)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-243  (106539-106700)   98% ->
244-426  (113515-113697)   100% ->
427-579  (114080-114232)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGTCCCTGATGCAGGCTCCCCTCCTGATCGCCCTGGGCTTGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGTCCCTGATGCAGGCTCCCCTCCTGATCGCCCTGGGCTTGCTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGCCCCTGCGCAAGCCCACCTGAAAAAG         CCATCCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 CGCGGCCCCTGCGCAAGCCCACCTGAAAAAGGTG...CAGCCATCCCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGTAGCTTTTCCTGGGATAACTGTGATGAAGGGAAGGACCCTGCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106549 TCAGTAGCTTTTCCTGGGATAACTGTGATGAAGGGAAGGACCCTGCGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCAGAAGCCTGACTCTGGAGCCTGACCCCATCGTCGTTCCTGGAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 106599 ATCAGAAGCCTGACTCTGGAGCCTGACCCCATCATCGTTCCTGGAAATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACCCTCAGTGTCGTGGGCAGCACCAGTGTCCCCCTGAGTTCTCCTCTGA
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106649 GACCCTCAGTGTCATGGGCAGCACCAGTGTCCCCCTGAGTTCTCCTCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AG         GTGGATTTAGTTTTGGAGAAGGAGGTGGCTGGCCTCTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106699 AGGTG...CAGGTGGATTTAGTTTTGGAGAAGGAGGTGGCTGGCCTCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCAAGATCCCATGCACAGACTACATTGGCAGCTGTACCTTTGAACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113554 ATCAAGATCCCATGCACAGACTACATTGGCAGCTGTACCTTTGAACACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGTGATGTGCTTGACATGTTAATTCCTACTGGGGAGCCCTGCCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113604 CTGTGATGTGCTTGACATGTTAATTCCTACTGGGGAGCCCTGCCCAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCTGCGTACCTATGGGCTTCCTTGCCACTGTCCCTTCAAAGAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113654 CCCTGCGTACCTATGGGCTTCCTTGCCACTGTCCCTTCAAAGAAGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427    GGAACCTACTCACTGCCCAAGAGCGAATTCGTTGTGCCTGACCTGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114077 CAGGGAACCTACTCACTGCCCAAGAGCGAATTCGTTGTGCCTGACCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGCCCAGTTGGCTCACCACCGGGAACTACCGCATAGAGAGCGTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114127 GCTGCCCAGTTGGCTCACCACCGGGAACTACCGCATAGAGAGCGTCCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCAGCAGTGGGAAGCGTCTGGGCTGCATCAAGATCGCTGCCTCTCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114177 GCAGCAGTGGGAAGCGTCTGGGCTGCATCAAGATCGCTGCCTCTCTAAAG

    600     .
    574 GGCATA
        ||||||
 114227 GGCATA