seq1 = pF1KE6165.tfa, 441 bp
seq2 = pF1KE6165/gi568815587r_5132967.tfa (gi568815587r:5132967_5334433), 201467 bp

>pF1KE6165 441
>gi568815587r:5132967_5334433 (Chr11)

(complement)

1-92  (100001-100092)   100% ->
93-315  (100221-100443)   100% ->
316-441  (101342-101467)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAGAAGACTGCTGTCAATGCCCTGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAGAAGACTGCTGTCAATGCCCTGTGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAAGTGAACGTGGATGCAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 CAAAGTGAACGTGGATGCAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGTT...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  ATTACTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100220 GATTACTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATCTGTCCTCTCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100270 GATCTGTCCTCTCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCAAGAAGGTGCTAGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100320 TGGCAAGAAGGTGCTAGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCTCAAGGGCACTTTTTCTCAGCTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100370 ACCTCAAGGGCACTTTTTCTCAGCTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACGTGGATCCTGAGAACTTCAGG         CTCTTGGGCAATGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100420 CACGTGGATCCTGAGAACTTCAGGGTG...CAGCTCTTGGGCAATGTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTGTGTGTGCTGGCCCGCAACTTTGGCAAGGAATTCACCCCACAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101359 GGTGTGTGTGCTGGCCCGCAACTTTGGCAAGGAATTCACCCCACAAATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGCTGCCTATCAGAAGGTGGTGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101409 AGGCTGCCTATCAGAAGGTGGTGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCTCAC

    450     .
    433 AAGTACCAT
        |||||||||
 101459 AAGTACCAT