seq1 = pF1KE6158.tfa, 360 bp
seq2 = pF1KE6158/gi568815575f_103116154.tfa (gi568815575f:103116154_103316513), 200360 bp

>pF1KE6158 360
>gi568815575f:103116154_103316513 (ChrX)

1-360  (100001-100360)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTCCAAAGAGGAACTAGCGGCAAACAATCTCAACGGGGAAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTCCAAAGAGGAACTAGCGGCAAACAATCTCAACGGGGAAAATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAACAAGAAAACGAAGGAGGGGAGCAGGCCCCCACGCAGAATGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAACAAGAAAACGAAGGAGGGGAGCAGGCCCCCACGCAGAATGAAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATCCCGCCATTTGGGAGGGGGTGAAGGCCAGAAGCCTGGAGGAAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATCCCGCCATTTGGGAGGGGGTGAAGGCCAGAAGCCTGGAGGAAATATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGCGGGGGCGAGTTAGGCGACTTGTCCCTAATTTTCGATGGGCCATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGCGGGGGCGAGTTAGGCGACTTGTCCCTAATTTTCGATGGGCCATACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAATAGGCATATTGAGCACAATGAAGCGAGAGATGATGTAGAAAGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAATAGGCATATTGAGCACAATGAAGCGAGAGATGATGTAGAAAGGTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TAGGGCAGATGATGGAAATCAAGAGAAAGACTAGGGAACAGCAGATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TAGGGCAGATGATGGAAATCAAGAGAAAGACTAGGGAACAGCAGATGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACTATATGCGCTTCCAAACTCCTGAACCTGACAACCATTATGACTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACTATATGCGCTTCCAAACTCCTGAACCTGACAACCATTATGACTTTTG

    350     .    :
    351 CCTCATACCT
        ||||||||||
 100351 CCTCATACCT