seq1 = pF1KE6142.tfa, 327 bp
seq2 = pF1KE6142/gi568815586f_120338127.tfa (gi568815586f:120338127_120540534), 202408 bp

>pF1KE6142 327
>gi568815586f:120338127_120540534 (Chr12)

1-103  (100001-100103)   100% ->
104-246  (100253-100395)   100% ->
247-327  (102328-102408)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTAGTTGGTGTGTCCTCGGTTTCTCGGCTGCTGGGTCGGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTAGTTGGTGTGTCCTCGGTTTCTCGGCTGCTGGGTCGGTCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCACAGCTGGGGCGGCCTATGTCGAGTGGCGCCCATGGCGAAGAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCACAGCTGGGGCGGCCTATGTCGAGTGGCGCCCATGGCGAAGAGGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAG         CTCGCATGTGGAAGACTCTCACCTTCTTCGTCGCGCTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGTA...CAGCTCGCATGTGGAAGACTCTCACCTTCTTCGTCGCGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCGGGGTGGCAGTCAGCATGCTGAATGTGTACCTGAAGTCGCACCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100291 CCCGGGGTGGCAGTCAGCATGCTGAATGTGTACCTGAAGTCGCACCACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAGCACGAGAGACCCGAGTTCATCGCCTACCCCCATCTCCGCATCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100341 AGAGCACGAGAGACCCGAGTTCATCGCCTACCCCCATCTCCGCATCAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAAG         CCGTTTCCCTGGGGAGATGGTAACCATACTCTATTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100391 CCAAGGTA...CAGCCGTTTCCCTGGGGAGATGGTAACCATACTCTATTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    283 CATAACCCTCATGTGAATCCACTTCCAACTGGCTACGAAGATGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102364 CATAACCCTCATGTGAATCCACTTCCAACTGGCTACGAAGATGAA