seq1 = pF1KE6129.tfa, 450 bp
seq2 = pF1KE6129/gi568815594r_144014689.tfa (gi568815594r:144014689_144240635), 225947 bp

>pF1KE6129 450
>gi568815594r:144014689_144240635 (Chr4)

(complement)

1-37  (100001-100037)   100% ->
38-136  (120048-120146)   97% ->
137-232  (120855-120950)   100% ->
233-271  (121884-121922)   100% ->
272-357  (123697-123782)   100% ->
358-436  (125869-125947)   100% ->
437-450  (129226-129239)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATGGAAAAATAATCTTTGTATTACTATTGTCAG         CAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>> |||
 100001 ATGTATGGAAAAATAATCTTTGTATTACTATTGTCAGGTA...CAGAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGTGAGCATATCAGCATTAAGTACCACTGAGGTGGCAATGCACACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120052 TGTGAGCATATCAGCATTAAGTACCACTGAGGTGGCAATGCACACTTCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTCTTCTTCAGTCACAAAGAGTTACATCTCATCACAGACAAATG     
        | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 120102 CTTCTTCTTCAGTCACAAAGAGTTACATCTCATCACAGACAAATGGTT..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     ATACGCACAAACGGGACACATATGCAGCCACTCCTAGAGCTCATGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120152 .CAGATACGCACAAACGGGACACATATGCAGCCACTCCTAGAGCTCATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGTTTCAGAAATTTCTGTTAGAACTGTTTACCCTCCAGAAGAGGAAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120901 AGTTTCAGAAATTTCTGTTAGAACTGTTTACCCTCCAGAAGAGGAAACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233          GAGAAAGGGTACAACTTGCCCATCATTTCTCTGAACCAG  
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 120951 GTA...TAGGAGAAAGGGTACAACTTGCCCATCATTTCTCTGAACCAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    272        AGATAACACTCATTATTTTTGGGGTGATGGCTGGTGTTATTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121925 A...TAGAGATAACACTCATTATTTTTGGGGTGATGGCTGGTGTTATTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AACGATCCTCTTAATTTCTTACGGTATTCGCCGACTGATAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 123740 AACGATCCTCTTAATTTCTTACGGTATTCGCCGACTGATAAAGGTG...T

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    358   AAAAGCCCATCTGATGTAAAACCTCTCCCCTCACCTGACACAGACGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125867 AGAAAAGCCCATCTGATGTAAAACCTCTCCCCTCACCTGACACAGACGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CCTTTAAGTTCTGTTGAAATAGAAAATCCAG         AGACAAGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 125917 CCTTTAAGTTCTGTTGAAATAGAAAATCCAGGTT...TAGAGACAAGTGA

    500 
    447 TCAA
        ||||
 129236 TCAA