seq1 = pF1KE6126.tfa, 315 bp
seq2 = pF1KE6126/gi568815597f_110351217.tfa (gi568815597f:110351217_110556348), 205132 bp

>pF1KE6126 315
>gi568815597f:110351217_110556348 (Chr1)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-198  (102745-102870)   100% ->
199-315  (105016-105132)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGGTGCCACGCGAGTCTCAATCATGCTCCTCCTAGTAACTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAGGTGCCACGCGAGTCTCAATCATGCTCCTCCTAGTAACTGTGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACTGTGCTGTGATCACAGGG         GCCTGTGAGCGGGATGTCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 TGACTGTGCTGTGATCACAGGGGTA...CAGGCCTGTGAGCGGGATGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTGTGGGGCAGGCACCTGCTGTGCCATCAGCCTGTGGCTTCGAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102764 AGTGTGGGGCAGGCACCTGCTGTGCCATCAGCCTGTGGCTTCGAGGGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGATGTGCACCCCGCTGGGGCGGGAAGGCGAGGAGTGCCACCCCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102814 CGGATGTGCACCCCGCTGGGGCGGGAAGGCGAGGAGTGCCACCCCGGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCACAAG         ATCCCCTTCTTCAGGAAACGCAAGCACCACACCT
        |||||||>>>...>>> |||||||||||||||||||||||||||||||||
 102864 CCACAAGGTA...TAGGTCCCCTTCTTCAGGAAACGCAAGCACCACACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCCTTGCTTGCCCAACCTGCTGTGCTCCAGGTTCCCGGACGGCAGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105050 GTCCTTGCTTGCCCAACCTGCTGTGCTCCAGGTTCCCGGACGGCAGGTAC

    300     .    :    .    :    .    :
    283 CGCTGCTCCATGGACTTGAAGAACATCAATTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 105100 CGCTGCTCCATGGACTTGAAGAACATCAATTTT