seq1 = pF1KE6115.tfa, 441 bp
seq2 = pF1KE6115/gi568815587r_5148362.tfa (gi568815587r:5148362_5253279), 104918 bp

>pF1KE6115 441
>gi568815587r:5148362_5253279 (Chr11)

(complement)

1-92  (3476-3567)   100% ->
93-315  (3690-3912)   100% ->
316-441  (4793-4918)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCATTTCACAGAGGAGGACAAGGCTACTATCACAAGCCTGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   3476 ATGGGTCATTTCACAGAGGAGGACAAGGCTACTATCACAAGCCTGTGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGGTGAATGTGGAAGATGCTGGAGGAGAAACCCTGGGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
   3526 CAAGGTGAATGTGGAAGATGCTGGAGGAGAAACCCTGGGAAGGTA...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  GCTCCTGGTTGTCTACCCATGGACCCAGAGGTTCTTTGACAGCTTTGGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   3689 GGCTCCTGGTTGTCTACCCATGGACCCAGAGGTTCTTTGACAGCTTTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCTGTCCTCTGCCTCTGCCATCATGGGCAACCCCAAAGTCAAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   3739 AACCTGTCCTCTGCCTCTGCCATCATGGGCAACCCCAAAGTCAAGGCACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCAAGAAGGTGCTGACTTCCTTGGGAGATGCCACAAAGCACCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   3789 TGGCAAGAAGGTGCTGACTTCCTTGGGAGATGCCACAAAGCACCTGGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCTCAAGGGCACCTTTGCCCAGCTGAGTGAACTGCACTGTGACAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   3839 ATCTCAAGGGCACCTTTGCCCAGCTGAGTGAACTGCACTGTGACAAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CATGTGGATCCTGAGAACTTCAAG         CTCCTGGGAAATGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
   3889 CATGTGGATCCTGAGAACTTCAAGGTG...CAGCTCCTGGGAAATGTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTGACCGTTTTGGCAATCCATTTCGGCAAAGAATTCACCCCTGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   4810 GGTGACCGTTTTGGCAATCCATTTCGGCAAAGAATTCACCCCTGAGGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGCTTCCTGGCAGAAGATGGTGACTGCAGTGGCCAGTGCCCTGTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
   4860 AGGCTTCCTGGCAGAAGATGGTGACTGCAGTGGCCAGTGCCCTGTCCTCC

    450     .
    433 AGATACCAC
        |||||||||
   4910 AGATACCAC