seq1 = pF1KE6107.tfa, 471 bp
seq2 = pF1KE6107/gi568815575r_15727328.tfa (gi568815575r:15727328_15952524), 225197 bp

>pF1KE6107 471
>gi568815575r:15727328_15952524 (ChrX)

(complement)

1-179  (100001-100179)   100% ->
180-288  (106514-106622)   100% ->
289-426  (107009-107146)   100% ->
427-471  (125153-125197)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGTTTATGTTGCTTTTTAGTCGTCAGGGAAAGCTTCGACTGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGTTTATGTTGCTTTTTAGTCGTCAGGGAAAGCTTCGACTGCAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGGTATGTCCCACTATCAGACAAAGAGAAGAAAAAGATCACAAGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGGTATGTCCCACTATCAGACAAAGAGAAGAAAAAGATCACAAGAGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGTTCAGACCGTTTTAGCACGGAAACCTAAAATGTGCAGCTTCCTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGTTCAGACCGTTTTAGCACGGAAACCTAAAATGTGCAGCTTCCTTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGCGAGATCTGAAGATTGTTTACAAAAG         ATATGCTAGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100151 TGGCGAGATCTGAAGATTGTTTACAAAAGGTA...CAGATATGCTAGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTATTTTTGCTGTGCTATTGAGGATCAGGACAATGAACTAATTACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106526 GTATTTTTGCTGTGCTATTGAGGATCAGGACAATGAACTAATTACCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAATAATTCATCGTTATGTGGAATTACTTGACAAGTATTTCGGCAGT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106576 AAATAATTCATCGTTATGTGGAATTACTTGACAAGTATTTCGGCAGTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       GTCTGTGAACTAGATATCATCTTTAATTTTGAGAAGGCTTATTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106626 ...CAGGTCTGTGAACTAGATATCATCTTTAATTTTGAGAAGGCTTATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TATTTTGGATGAGTTTCTTTTGGGAGGGGAAGTTCAGGAAACATCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107053 TATTTTGGATGAGTTTCTTTTGGGAGGGGAAGTTCAGGAAACATCCAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAATGTCCTTAAAGCAATTGAGCAGGCTGATCTACTGCAGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107103 AAAATGTCCTTAAAGCAATTGAGCAGGCTGATCTACTGCAGGAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    427    GAAGCTGAAACCCCACGTAGTGTTCTTGAAGAAATTGGACTGACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125150 CAGGAAGCTGAAACCCCACGTAGTGTTCTTGAAGAAATTGGACTGACA